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Tumorothèque - CRB Cancer - Tumorothèque Virtuelle du GSO

La Tumorothèque Virtuelle du GSO (TVGSO) : la Tumorothèque Virtuelle du GSO - TVGSO présente les collections des 8 tumorothèques / Centres de Ressources Biologiques (CRB)-Cancer des 5 CHU et 3 CLCC du GSO. Les tumorothèques / CRB Cancer sont constituées avec une double vocation : sanitaire à des fins diagnostiques, pronostiques ou thérapeutiques, et scientifiques par l'implication dans des projets de recherche. Cette étape implique d'informer le patient et de s'assurer qu'il ne s'y oppose pas. Les échantillons tissulaires ou cellulaires cryoconservés dans ces banques, sont assortis d'annotations biologiques, anatomopathologiques et cliniques dynamiques. Ils concernent des tissus et/ou des cellules tumorales, mais également des échantillons sains recueillis chez les mêmes patients, ainsi que des produits dérivés tels que ADN, ARN, protéines, sérums... Ces collections sont consultables sur le site de la Tumorothèque Virtuelle du GSO - TVGSO : biobank-gso. Les échantillons affichés sont rendus anonymes et annotés sur la base des critères de l'Institut National du Cancer. La TVGSO offre deux modes de recherche des échantillons cryo préservés : la classification internationale des maladies (CIM10) ou la classification ADICAP établie par l'Association pour le Développement de l'Informatique en Cytologie et anatomo-pathologie. La TVGSO facilite les échanges entre les équipes de recherche et les tumorothèques - partenaires à part à entière des projets - et valorise les collections de ressources biologiques rares et bien documentées.
Prestations : les échantillons peuvent être mis à disposition sous conditions spécifiques et contractuelles, pour des protocoles de recherche nationaux ou internationaux. Les échantillons sont délivrés principalement sous forme de produits dérivés (coupes tissulaires dans tampon, ADN, ARN ...) pour garantir la pérennité des collections.
Accès : public/privé sous contrat ou convention de recherche et sur avis du comité de pilotage de la tumorothèque. Le résumé du projet doit être adressé aux responsables des tumorothèques. Un contrat de mise à disposition est établi avec les tumorothèques / CRB Cancer impliqués, qui précise le coût des prestations correspondant à la demande et les contributions des différents partenaires.
GSO : En savoir plus sur la TVGSO

Bordeaux :
Centre de Ressources Biologiques de l'Institut Bergonié Contact : Agnès Neuville
Centre de Ressources Biologiques Cancer du CHU Contact : Jean-Philippe Merlio
Limoges :
Tumorothèque du Limousin. Contact : François Labrousse.
Montpellier :
Tumorothèque du CHU. Contact : Valérie RIGAU
Tumorothèque de l'Institut régional Du Cancer Montpellier Contact : Frédéric Bibeau
Nîmes :
Tumorothèque du CHU. Contact : Pascal Roger
Toulouse :
Tumorothèque- CRB Cancer du CHU de Toulouse Contact : Pierre Brousset et Anne Gomez-Brouchet
CRB de l'Institut Claudius Regaud. Contact : Philippe Rochaix

Centre de Ressources Biologiques de l'Institut Bergonié - Bordeaux

> Responsable : Agnès Neuville Tél: 05 56 33 78 51 Site : www.biobank-gso.org
Description : ce centre de ressources biologiques existe depuis 1989. Les patients pris en charge à l'Institut Bergonié sont systématiquement informés d'une éventuelle cryo préservation d'un fragment les concernant et peuvent s'opposer à l'utilisation pour la recherche de ces tissus. Le Collège de Recherche Clinique, de l'Institut Bergonié, rend un arbitrage pour toute demande de collaboration extérieure faisant appel à des prélèvements stockés dans la tumorothèque. Une démarche qualité selon la norme NFS 96-900 est initiée depuis début 2011.
Equipement : un local dédié (100 m²) climatisé sous surveillance électronique a été aménagé disposant de quatre congélateurs -140°C et deux -80°C, d'une informatisation des données, d'une organisation d'un circuit pour les tumeurs et de recommandations concernant les tumeurs à cryo préserver. Le délai prélèvement-congélation est d'environ 20 minutes.
Collections : en début 2010, le CRB-IB comporte des échantillons de 14000 prélèvements dont 7800 tumeurs du sein, 2400 tumeurs conjonctives, 1500 tumeurs digestives, 1000 tumeurs lymphoïdes et 700 tumeurs gynécologiques. La cellulothèque comporte des échantillons de 11000 prélèvements dont principalement des cellules sanguines de lymphomes non hodgkiniens.
Spécificités : - Plateforme de biologie moléculaire pour la CGH array et le profil d'expression. - Système informatique du Département de BioPathologie avec plusieurs modules complémentaires dont celui de la tumorothèque, de la RDNAthèque, de la biologie moléculaire et de l'anatomie pathologique et les comptes rendus standardisés pour les tumeurs du sein, du colon et des tissus mous. Il est directement relié au dossier médical informatisé. - Bases de données dédiées aux collections seins, sarcomes, lymphomes et cancers digestifs qui comportent les données cliniques, anatomo-pathologiques, thérapeutiques et évolutives des patients suivis à l'Institut Bergonié

Centre de Ressources Biologiques Cancer du CHU - Bordeaux

> Responsable : JP Merlio Tél. 05 57 57 10 27 ou 05 57 65 66 39 Email - Site www.biobank-gso.org.
Description : la tumorothèque du CHU de Bordeaux a été créée en 2003 grâce au financement DHOS/INCa. Elle est rattachée au service de Biologie des Tumeurs du CHU de Bordeaux (Pr JP Merlio). Un bâtiment de 125 m² avec contrôle d'accès, surveillance électronique a été aménagé pour accueillir la tumorothèque et les activités préanalytiques de biologie moléculaire. Il comporte 75 m² de zone de stockage avec 3 congélateurs -140°C, -80°C (dont un de secours pour chaque type) et 50 m² dédiés aux activités de biologie moléculaire pré-analytique et de contrôle de qualité. Environ 7000 tumeurs avec annotations ont pu être virtuellement transférées dans la base du cancéropôle Grand Sud-ouest (TVGSO) : http://www.biobank.gso.org La tumorothèque est en aval du service de Pathologie (Pr A Vital) lui-même implanté sur 2 sites (Pellegrin à Bordeaux et Haut-Lévêque au Sud) avec une activité de stockage à Pellegrin pour l'hépatothèque qui fait partie du CRB Foie national (Pr P Bioulac-Sage).
Activités sanitaires : elle concerne les prélèvements du CHU de Bordeaux et de la Région Aquitaine dans le cadre de la tumorothèque régionale sanitaire commune avec l'Institut Bergonié. Environ, 75 % des congélations « sanitaires » solides sont stockées dans notre structure. Les locaux et équipements du service de biologie des tumeurs- tumorothèque sont mutualisés avec le service d'hématologie cellulaire (Pr FX Mahon) pour constituer le site CHU de la plateforme INCa de génétique moléculaire des cancers. Outre la réalisation rapide des analyses sanitaires, ceci permet une gestion optimale, la qualification technique des échantillons, la réalisation de produits dérivés (coupes, acides nucléiques, protéines), l'inclusion dans des protocoles de recherche clinique ainsi que la distribution d'échantillons caractérisés sur le plan phénotypique et génétique.
Activités recherches : notre projet de CRB Cancer est de regrouper les collections à but de recherche des 3 filières: tumorothèque et hématothèque actuellement stockées au Sud et hépatothèque à Pellegrin sur le plan de la gestion technique et réglementaire pour aboutir à sa certification NF S96900 grâce au soutien IBISA dans une démarche commune avec l'Institut Bergonié et le Cancéropôle. La distribution des échantillons aux chercheurs s'effectue sous réserve d'un consentement/non-opposition. Un accord de transfert de matériel est établi après approbation du projet de recherche par le comité de pilotage scientifique de la tumorothèque impliquant cliniciens et pathologistes. Une juriste de la DRCI est chargée des contrats. Nos ressources ont été notamment utilisées pour les tumeurs cérébrales, les lymphomes cutanés, les lymphomes ganglionnaires, les tumeurs urologiques (rein, vessie) par plusieurs projets de recherche (ANR, PAIR Lymphome, GELA, GOELAMS) des équipes INSERM locales et nationales. Parallèlement, la collection hématologique du service du Pr Mahon (et E Lippert) permet le développement de nombreux projets de recherche des réseaux nationaux et européens en biologie moléculaire et cytogénétique : GBMHM, GFCH, European Leukemia Net, FiLMC, FIM, GOELAMS, MPN-MPNr Euro Network. Enfin la collection Bordeaux du CRB national Foie du Service de l'hôpital Pellegrin (Pr P. Bioulac-Sage) constitue avec 500 tumeurs une base d'échantillons importante du CRB National Foie. De nouvelles biocollections avec bases de données annotées se structurent de manière prospective (Thyroïde, Rein, Cerveau, Mélanome...) Dans ce contexte, le recueil des annotations et du consentement est excellent et efficace (plus de 95%).

Tumorothèque du CHU de Limoges

> Responsable : François Labrousse - Tél : 05 55 05 69 40
ARC : Alain Chaunavel - Tél : 05 55 05 87 01 - Sitewww.biobank-gso.org.
Description : la Tumorothèque/ Cellulothèque du Limousin, structurée depuis 2001, bénéficie aujourd'hui des locaux sécurisés. Depuis octobre 2006, une unité d'oncologie moléculaire est rattachée à la Tumorothèque/ Cellulothèque. Cette unité permet d'effectuer des extractions d'acides nucléiques, le contrôle qualité et des analyses en PCR. Un Conseil Médico Scientifique a été mis en place et donne son avis sur les demandes d'utilisation d'échantillons à des fins de recherche. Le CHU de Limoges, qui héberge la Tumorothèque/ Cellulothèque, a mis en place depuis 2009 le recueil systématique des oppositions des patients à l'utilisation de leurs prélèvements ; ces oppositions sont obtenues quand les patients sont vus en consultation.
Collections : elles concernent principalement les lymphomes et les leucémies, les tumeurs du système nerveux central, les tumeurs colorectales, les tumeurs du sein et gynécologiques. Ces collections ont été déclarées auprès du ministère (DC-2008- 604 - DC-2010-1074) et la Tumorothèque/ Cellulothèque a reçu l'autorisation de cession (AC-2007- 34 et AC-2008-140).
Mise à disposition des prélèvements : le demandeur contacte l'ARC de la Tumorothèque/ Cellulothèque par mail ; ce dernier lui retourne un formulaire demande de ressources biologiques (modèle Cancéropôle GSO) auquel est joint la grille tarifaire des prestations telle qu'elle a été établie par le Cancéropôle GSO. Le demandeur retourne le formulaire dument renseigné ainsi qu'un résumé du projet auquel sont destinés les prélèvements demandés et, le cas échéant, une copie de l'avis du Comité de Protection des Personnes. La demande de ressources biologiques est soumise au Conseil Médico Scientifique du CHU pour avis. Si une suite favorable est donnée à la demande, l'ARC établi un contrat avec l'organisme hébergeant le laboratoire du demandeur selon un des modèles élaborés par le Cancéropôle GSO.

Tumorothèque du CHU Montpellier

> Responsable : Valérie RigauSite : www.biobank-gso.org.
Description : la tumorothèque du CHRU de Montpellier a été créée en 2004. Les prélèvements issus des blocs opératoires sont conditionnés à proximité des blocs dont ils sont issus dans deux unités de conditionnement. Un Conseil Scientifique a été mis en place, dont une des missions est de gérer et de développer les cessions biologiques à des fins de recherche. La gestion des données techniques et des informations de traçabilité est assurée pour chaque échantillon, et documentée à partir du dossier médical du patient. Depuis Mai 2008, la tumorothèque est intégrée au Centre des Collections Biologiques Hospitalières de Montpellier (CCBH-M), avec les collections de cellules, de liquides biologiques et de matériel génétique. Le CCBH-M est recensé parmi les plates-formes émergentes du réseau français des CRB.
Equipement : la congélation est réalisée en azote liquide, en cryotubes stockés dans des containeurs provisoires. Après typage histologique et validation qualitative des tumeurs, les échantillons de chaque site sont transférés dans l'Unité Centrale de Conservation climatisée, dans deux congélateurs -80° sécurisés et sous alarme.
Collections : la tumorothèque bénéficie d'une grande diversité de pathologies tumorales traitées au CHRU : lymphomes, cancers du côlon, hépatocarcinomes, tumeurs gliales, tumeurs pédiatriques, tumeurs des tissus mous mais aussi dans le cadre de projets de recherche : poumon, sein, ORL.

Tumorothèque de l'Institut régional du Cancer Montpellier

> Responsable : Frédéric Bibeau Tél. 04 67 61 85 13. Sitewww.biobank-gso.org.
Description : la tumorothèque existe depuis janvier 2000 et s'enrichit chaque année de plus de 600 tumeurs. Elle comporte, en septembre 2011, 35700 échantillons issus de 7000 tumeurs. La tumorothèque est située dans, et gérée par, le service de Pathologie du centre. Elle héberge également des échantillons tumoraux issus du recrutement du secteur libéral. La distribution est effectuée sous forme de coupes de tumeurs cryopréservées ou sous la forme de produits dérivés ARN, ADN ou protéines. Tous ces échantillons bénéficient d'annotations histo-pronostiques requêtables et informatisées. Les tumeurs accessibles peuvent être consultées sur le site www.biobank-gso.org. Les données cliniques évolutives et thérapeutiques sont disponibles par l'intermédiaire du dossier médical informatisé et requétables pour certaines collections.
Labellisation : la tumorothèque a reçu les soutiens de la DHOS (Délégation à l'Hospitalisation et à l'Organisation des Soins) lors des appels à projets 2001, 2004 et 2005. Elle s'inscrit maintenant dans une démarche de certification « CRB » (Centre de Ressources Biologiques) dans le cadre de projets régionaux et du cancéropôle GSO. Cette démarche qualité s'intègre aux recommandations émises par le « club des tumorothèques - CRB Cancer » du Cancéropôle GSO.
Accès : la mise à disposition d'échantillons pour un programme de recherche défini demande une validation du comité scientifique du centre et la rédaction d'un contrat préalable avec la tumorothèque.
Equipement : elle bénéficie d'un congélateur à - 80°C de grande capacité, issu d'une technologie innovante. Une surveillance électronique consultable sur ordinateur permet l'enregistrement permanent de la température. Ce congélateur est couplé à un système de secours basé sur une motorisation indépendante. Une plateforme d'extraction est associée à la tumorothèque permettant la distribution de produits dérivés selon les recommandations de l'Inca et du cancéropôle GSO.
Collections : ces collections sont représentatives du recrutement de l'institution : tumeurs du sein, tumeurs digestives principalement, mais aussi tumeurs génitales, tumeurs cutanées, tumeurs conjonctives. D'autres types tumoraux (lymphomes, tumeurs du rein, de la thyroïde....) sont systématiquement conservés et peuvent constituer une source de matériel disponible dans le cadre de programmes de recherche incluant plusieurs sites.

Tumorothèque du CHU de Nîmes

> Responsable : Pascal Roger Tél. 04 6 66 34 51. Site : www.biobank-gso.org.
Technicienne ARC : Nathalie Bros - Tél. 04 67 33 83 50
Description : les premiers échantillons sont conservés depuis 2005. La tumorothèque est localisée dans le laboratoire d'anatomie pathologique dans un local dédié et sécurisé. Les échantillons tumoraux sont réalisés dans le laboratoire d'anatomie pathologique à partir de pièces fraîches opérées, le laboratoire étant situé à proximité du bloc opératoire. La tumorothèque héberge aussi des échantillons tumoraux réalisés dans des CHG ou des laboratoires d'anatomie pathologique du secteur libéral du Gard. Les échantillons sont caractérisés et conservés dans l'azote liquide. La tumorothèque est reliée à la plate forme de biologie moléculaire du CHU de Nîmes où sont réalisées les extractions d'acides nucléiques. Elle dispose de l'autorisation d'activité de conservation et de préparation d'éléments du corps humain en vue de leur cession pour un usage scientifique accordée par le Ministère de la Recherche.
Accès : les demandes de cession à visée scientifique sont soumises au comité scientifique de la Biothèque du CHU de Nîmes pour validation. Elles peuvent se faire sous formes de copeaux, de coupes à congélation ou de produits dérivés (ADN, ARN,...).
Collections : les principales collections sont issus de cancers digestifs (colorectaux ou autres), tumeurs gynécologiques et mammaires, tumeurs ORL, lymphomes, tumeurs urologiques.

Tumorothèque - CRB Cancer du CHU Toulouse

> Responsable : Pierre Brousset et Anne Gomez-Brouchet - Site : www.biobank-gso.org
Description : la tumorothèque du CHU de Toulouse a pour mission d'assurer la congélation, la conservation, la préparation et la mise à disposition d'échantillons biologiques humains collectés à partir des prélèvements adressés aux laboratoires d'Anatomie et Cytologie pathologiques. Cette mission répond à une double vocation l'une à visée sanitaire (diagnostiques, pronostiques et/ou thérapeutiques) et l'autre à visée de recherche à des fins scientifiques. La biologie moléculaire est réalisée dans les laboratoires d'anatomie et cytologie pathologiques pour les tumeurs solides et les lymphomes et dans le laboratoire de cytohématologie pour les myélomes et les leucémies. Après les analyses répondant à l'intérêt des malades, les échantillons qualifiés « recherche » doivent être en conformité avec les règles juridiques et éthique en vigueur. Leur mise à disposition pour un projet de recherche est validée au regard de la disponibilité des échantillons, de la non-opposition du patient, de la faisabilité technique de la mise à disposition, et de la pertinence scientifique du projet de recherche présenté. Les échantillons qualifiés «recherche », y compris ceux qui sont issus du réseau de Cancérologie de Midi-Pyrénées (Oncomip) sont recensés sur la vitrine Tumorothèque virtuelle du Cancéropôle GSO pour susciter leur implication dans des projets scientifiques.
Accès : les échantillons sont mis à disposition sous convention ou contrat après aval du projet par le Comité scientifique du CRB Cancer du CHU de Toulouse. Contact . Les activités de tumorothèque ont fait l'objet d'une déclaration et d'une autorisation de cession du ministère chargé de la recherche.
Collections : les collections phares du CHU concernent les différentes pathologies suivantes : lymphomes, tumeurs cutanées, tumeurs digestives, tumeurs cérébrales, tumeurs broncho-pulmonaires, tumeurs osseuses, tumeurs urologiques, tumeurs gynécologiques.

CRB de l'institut Claudius Regaud - Toulouse

> Responsable : Philippe ROCHAIX Tél. 05 61 42 42 96 - Site www.biobank-gso.org
Description : la tumorothèque du Centre de lutte contre le Cancer - Institut Claudius Regaud à Toulouse a été créée en 1996. A partir de juin 2001, de nouvelles procédures sont mises en place pour répondre aux obligations légales notamment pour la traçabilité des prélèvements tissulaires dans la tumorothèque. Un accès protégé permet d'associer l'information concernant les échantillons de la tumorothèque au dossier médical du patient pour l'exploitation médico-scientifique. Depuis mars 2012, l'Institut est titulaire de la certification NF S 96900.
Equipement : depuis le mois d'avril 2003, un local a été pleinement consacré de façon totalement fonctionnelle à sa double mission sanitaire et de recherche. Totalement isolé et contrôlé, il répond à toutes les consignes de sécurité en vigueur. Congélateurs et climatiseurs sont sous alarme reliée au poste de sécurité central de l'Etablissement.
Collections : principalement de tumeurs du sein, de l'ovaire, des voies aéro-digestives supérieures, des tissus mous, de la peau (mélanomes).