Plateforme de développement et de production d'aptamères NovaptechPlateforme de Biologie Structurale de l'IECB - CGFBPlateforme de biologie structurale du CBSLaboratoire mesures physiques (LPM)Plateforme Intégrée de Criblage de Toulouse (PICT)/GenoToul Cribligand
| IECB - Cellule de transfert publique - 2 rue Robert Escarpit - 33607 Pessac |
Description : Novaptech est une cellule de transfert de technologie unique en France proposant l'identification d'aptamères au terme d'une sélection in vitro automatisée, l'optimisation des aptamères sélectionnés, leur fonctionnalisation et leur production par synthèse chimique. Novaptech est adossée à l'Inserm U869 qui possède une longue expérience des aptamères, oligonucléotides (ADN, ARN, ARNs modifiés) obtenus par stratégie combinatoire, aux propriétés de fixation et de spécificité remarquables pour la détection de cibles, la purification de molécules par affinité, l'imagerie ou la thérapeutique. Ils peuvent être sélectionnés contre différents types de cibles (petites molécules organiques, protéines, acides nucléiques, toxines), rivalisent avec les anticorps et présentent des avantages considérables de synthèse et de conservation. Voir la présentation
Prestations : L'activité porte sur les développements biotechnologiques et la production d'aptamères à façon contre une cible donnée. Les aptamères sélectionnés peuvent être modifiés et fonctionnalisés en vue d'applications notamment en santé (outils analytiques et diagnostiques).
Equipement : Plateformes automatisées de sélection et de production d'aptamères.
Perspectives : Développement de nouveaux outils moléculaires. Logique de participation à la recherche et à la valorisation au travers de collaborations avec des industriels et des laboratoires académiques.
Accès : Public/privé.
| Resp. scien. : Dominique Rolin - |
Le Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB) regroupe 6 plateformes : le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), le Pôle Protéomique, la plateforme Métabolome Fluxome, la plateforme Génome - Transcriptome, Le Bordeaux Imaging Center (BIC) et La Plate-forme de Biologie Structurale. Ces plates-formes vont continuer à mutualiser du personnel et des équipements au service de la communauté scientifique bordelaise.
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) | Bordeaux Imaging Center (BIC) |
Plateforme Génome - Transcriptome de Bordeaux Plateforme Métabolome Fluxome de Bordeaux | Plateforme de Biologie Structurale de Bordeaux Pôle Protéomique de Bordeaux |
| IECB - Cellule de transfert publique - 2 rue Robert Escarpit - 33607 Pessac |
Description : La plateforme de Biologie Structurale de l'IECB (PBS IECB) est une des composantes du Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (voir ci-dessus). La plateforme exploite et développe les principales techniques de pointe dans la caractérisation structurale. Elle a pour vocation :
- de permettre l'accélération des processus de détermination de structures tridimensionnelles de molécules organiques, biomolécules isolées ou de complexes macromoléculaires d'origines bactériennes, archébactériennes et eucaryotes avec une forte spécificité biomédicale,
- d'analyser l'information biologique, structurale et fonctionnelle par les outils de la bioinformatique pour l'identification et la modélisation de molécules susceptibles de constituer des candidats actifs pour la santé et les biotechnologies,
- fournir des outils incluant des robots (haut débit) intégrant des technologies performantes et un savoir faire reconnu,
- assurer un suivi informatisé de toutes les étapes et un contrôle de la qualité de chaque opération,
- procurer un encadrement scientifique et technologique de niveau international aux utilisateurs, - assurer la formation des étudiants et des scientifiques du secteur public et industriel.
Techniques utilisées : RMN Liquide/solide, spectrométrie de masse, modélisation moléculaire et bioinformatique, diffraction/diffusion des rayons X, cristallogenèse, résonance plasmonique de surface (SPR), microscopie électronique, tomographie.
Equipement : Spectromètre RMN 400MHz liquide, équipé de 2 sondes 5mm, Spectromètre RMN 300MHz, solide, équipé de 3 sondes, Spectromètre RMN 300MHz liquide, équipé d'une sonde et d'un passeur (64 positions), Spectromètre RMN 500MHz liquide et solide, équipé de 5 sondes, Spectromètre 700 MHz, Spectromètre haut champ 800MHz équipé d'une cryosonde. Son exploitation s'effectue dans le cadre des trés grands équipements du CNRS (TGE), Anode tournante dédiée aux cristaux de petites molécules et à la diffusion des rayons X aux petits angles de la matière molle (SAXS, WAXS), Anode tournante Bruker AXS dédiée à la diffraction des rayons X sur monocristaux de macromolécules, Robot Proteomic Solution Honeybee 961 pour le «screening» des conditions de cristallisation, BIAcore 3000TM, Tecnai-F20 200kV-FEG (FEI) et CM-120 120 kV (FEI) pour la cryo-microscopie d'échantillons biologiques et nanoparticules, Nanoscope-IV AFM (Veeco) pour AFM d'échantillons biologiques et de surfaces structurées, Q-Tof MicroTM, Waters Micromass®. Electro nébulisation nano-ESI avec "nano Lock-spray"TM. LCT PremierTM, Waters Micromass®. Electro nébulisation (ESI) avec Lock-sprayTM. LCQ Advantage - Thermo®. MALDI - Q-Tof Premier - Waters®. ReflexTM III MALDI-TOF - Bruker® et détecteur hautes masses CovalX. Ettan MALDITOF - GE - Amersham Pharmacia Biotech®.
Perspectives : Compléter le parc d'équipements pour renforcer le potentiel en biologie structurale intégrative. Projet Cryotomographie électronique (2010/2011) et BioSAXS (2011). Labellisation IBiSA en 2011.
Accès : Public/privé.
Personnel : 5
Qualité : envisagée dans le cadre de l'appartenance de la plateforme au Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB) et la demande de labellisation IBiSA.
| CNRS UMR 5048 - UM 1 - Inserm UMR554 - 29 route de Navacelles - 34090 Montpellier cedex - |
Description : Résoudre la structure des biomolécules et de leurs complexes qui sont des cibles thérapeutiques et caractériser leurs relations structure-fonction par des approches multiples et intégrés afin de concevoir de nouvelles molécules thérapeutiques. De la prédiction à la détermination de structures, les projets passent par des études de criblage de ligands potentiels in silico et in cristallo, et par fluorescence à haut débit. Les études des ligands potentiels in vitro sont complétées par des études dans des cellules vivantes par microscopie TIRF et de corrélation de fluorescence. Analyse de la thermodynamique et dynamique des interactions, effets et criblage des ligands, biophysique de la molécule unique. La plateforme est organisée en 6 pôles :
- Pôle Bioinformatique
- Pôle Biochimie
- Pôle Cristallographie aux Rayons X
- Pôle RMN
- Pôle Microscopie Electronique
- Pôle Biophysique (fluorescence, AFM, spectroscopie, molécule unique, thermodynamique)
Equipement : Microscope Electronique 200 FEG, RMN 500, 600, 700 MHz (2 cryso-sondes), diffractomètre RX, robot cristallisation, robot visualisation cristaux, 4 microscopes à force atomique (AFM), TIRF-molécule unique, fluorimètre picoseconde, microscope FCS bi photonique, serveur bioinformatique de prédiction de structure, fluorimètre multimodal haut débit, robot de préparation échantillons, spectromètre de dichroïsme circulaire, calorimètre à balayage et à titrage isotherme, plateforme de préparation Biochimie
Haut débit : Cristallisation et tests d'interaction par fluorescence.
Projets : étude structurale des protéines impliquées dans la réplication de l'ADN (IGH), étude structurale des protéines 14-3-3 (IGF), étude sur la protéine Mob (CRBM), sur les récepteurs nucléaires (CRLC).
Personnel : 2 IE, chercheurs et ITA CBS à 20 % sur la PF.
| Univ. Montpellier 2 - case courrier 008 - Place Eugène Bataillon - 34095 Montpellier |
Description : Le LMP est un service commun de recherche de l'UM2 doté d'équipements lourds permettant la mise en œuvre de nombreuses techniques. Le LMP recouvre actuellement les appareillages des deux plateaux techniques de l'Institut des Biomolécules Max Mousseron (IBMM) et de l'Institut Charles Gerhardt.
Equipement : Plateau technique de l'IBMM :
-RMN du liquide (DPX 200 Bruker 1997, AC 250 Bruker 1988, DRX 400 Bruker 1995, Avance 300 Bruker 2003).
-RMN du solide (DPX 300 Bruker 1999).
-Spectrométrie de masse (SX 102 Jeol 1993, Q-Tof (Waters 2001), Ultraflex (Bruker 2004), TSQ Quantum Ultra (Thermo-fischer 2008).
-Analyse élémentaire (Flash EA 1112 ThermoFinnigan 2003).
-Polarimétrie (polarimètre 341 Perkin-elmer 2002, lampe Na et Hg).
-Chromatographie liquide : système chromatographique Ultimate (LC pakings 2003, Acquity UPLC Waters 2007), chaine Alliance 2790 Waters 2001).
Prévu : RMN 600 MHz.
Plateau technique de l'Institut Charles Gerhardt :
-RPE - mesures magnétiques : Bruker (1982), Magnétomètre Oxford (1998), spectromètre RPE Elexsys (1999), Magnétomètre Suid Lot Oriel (2004)
-Diffractions Rayons X : Monocristal : Enraf Nonins CAD4 (1976), Poudre : Siefert tetha, 2 tetha; Siefert tetha, tetha (1984); poudre petits angles (1991), poudre X-Pert PRO II Philips (2001), Monocristal CCD X'Calibur Oxford (2001)
-RMN du solide et liquide : ASX 200 (1994), ASX 400(1994), RMN 400 Avance Bruker
-Microscopie : AFM-STM Autoprobe Veeco (2002), MEB Elexicence Hitachi (2002)
Accès : Public/privé.
Personnel : 6
| GenoToul - IPBS - 205 route de Narbonne - 31077 Toulouse cedex - |
Description : Technologies d'identification ou de conception d'inhibiteurs de cibles pharmacologiques ou d'effecteurs de toute autre cible et caractérisation de leurs interactions.
Localisation : 2 sites : IPBS (PT de modélisation moléculaire et RMN, PT cristallographie des RX) et Centre de Bioinformatique Théogone.
Equipement : Modélisation moléculaire, criblage virtuel et dynamique moléculaire. Moyens de calcul : Grappe de PC, 40 nœuds (3GHz, 1Go RAM) (IPBS). Grappe de PC, 50 nœuds (3GHz, 1Go RAM) (Théogone). Stations de calcul et de graphisme moléculaire. Logiciels : suite logicielle Sybyl 7.3 (Tripos) (Théogone). Logiciels Accelrys (IPBS). Logiciels de docking (IPBS). Spectromètre RMN 500 MHz. Spectromètre RMN 600 MHz avec cryosonde (1H, 13C, 15N). Spectromètre 700 MHz. Robot d'injection pour couplage RMN (BEST-NMR) (RMN 600 MHz). Bio-cristallographie : Banc de diffusion dynamique de la lumière. Robot de cristallisation de type nano volume. Station automatisée de visualisation et de suivi des essais de cristallisation. Parc de diffractométrie X constitué d'un diffractomètre comprenant une source micro foyer, un goniomètre 4 cercles à géométrie kappa et un détecteur CCD. Il comprend également un système automatisé d'inspection optique combinée à la diffraction de RX in situ de cristaux en microplaques. Ultracentrifugeuse analytique (achat prévu).
Compétences : Modélisation moléculaire et criblage virtuel. Criblage de ligands primaires et conception de ligands : criblage de ligands par RMN et par cristallographie des RX. Technologies et méthodes permettant de détecter des touches à basse affinité et de concevoir des ligands à haute affinité via approche par fragments.
Accès : Prestation de service complète ou ponctuelle par le personnel. Accès autonome à certains équipements. Collaboration publique/privée.
Service : Alternative aux stratégies de criblages à haut débit par la combinaison de technologies complémentaires pour la conception de ligands guidé par la connaissance structurale de la cible. Préparation et études structurales de cibles par modélisation moléculaire, RMN et cristallographie des RX. Criblage virtuel (in silico) à haut débit (104 molécules/jour). Validation expérimentale des ligands par criblage à moyen débit par RMN (20-100 molécules/jour) et à bas débit par cristallographie (1-10 molécules/jour). Analyse du mode d'interaction avec les cibles.
05 40 00 30 33 
