Pôle Protéomique - Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux - CGFB Spectrométrie de masse de l'IFR 145 GEISTPPM - Pôle Protéomique de MontpellierPPM Plateforme de protéomique et robotique (PPR)PPM Plateforme de protéomique fonctionnelle (PPF)PPM Plateforme de protéomique clinique (PPC)PPM Plateau Dige (PDige)PPM Plateau d'analyse Biacore (PBia)Production de protéines recombinantes/Réseau montpelliérain de protéines recombinantes (RMPR) de l'IFR 122Plateforme Protéomique Toulouse Midi-Pyrénées/GenoToul Proteomic
| Resp. scien. : Dominique Rolin - |
Le Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB) regroupe 6 plateformes : le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), le Pôle Protéomique, la plateforme Métabolome Fluxome, la plateforme Génome - Transcriptome, Le Bordeaux Imaging Center (BIC) et La Plate-forme de Biologie Structurale. Ces plates-formes vont continuer à mutualiser du personnel et des équipements au service de la communauté scientifique bordelaise.
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) | Bordeaux Imaging Center (BIC) |
Plateforme Génome - Transcriptome de Bordeaux Plateforme Métabolome Fluxome de Bordeaux | Plateforme de Biologie Structurale de Bordeaux Pôle Protéomique de Bordeaux |
| Univ. Victor Segalen Bordeaux 2 - 146 rue Léo Saignat - 33076 Bordeaux - |
Description : Domaines d'activité de la construction de vecteurs plasmidiques, la production de protéines, la séparation de ces protéines par différentes techniques chromatographiques ou électrophorétiques et enfin l'identification et/ou l'analyse des protéines par spectrométrie de masse. Projets collaboratifs, mise au point de stratégie existantes ou innovantes autour de la génomique fonctionnelle. Afin de proposer un service de pointe aux équipes de recherche afférentes à la plateforme de service, les autres activités du Pôle tournent autour de la mise au point de stratégies émergentes.
Spécificités : Etiquetage des protéines (6 His, TapTag, GST, GFP), Purification des protéines étiquetées (Chromatographies d'affinité), Séparation des protéines selon pI (Rotofor, OffGel), Séparation des protéines par électrophorèse monodimensionnelle et bidimensionnelle (IPG/SDS-PAGE, BN/SDS-PAGE, 16BAC/SDS-PAGE), Colorations des gels (Bleu de Coomassie, Bleu colloïdal, Sulfate de zinc, SyproRuby, Nitrate d'argent), Western, Découpage de bandes/spots protéiques, Digestion in solution, Digestion in gel, Identification de protéines par empreinte peptidique MALDI-MS. Identification de protéines par ESI ou MALDI-MS/MS, Analyse LC-MALDI-MS, Identification et Caractérisation des protéines, Fragmentation en mode ETD pour l'étude des phosphorylations, Séquençage de novo, Analyse quantitative différentielle par la technologie iTRAQ (Applied Biosystems). Interactions protéines-protéines : échange isotopique H/D, cross-linking, marquage chimique. Masse exacte. Elucidation structurale. Composition élémentaire de composés organiques. Complexes non-covalents. Couplage LC-MS pour identification de composés naturels.
Equipement : Rotofor (Biorad), Experion (Biorad), OffGel (Agilent), Electrophorèse 2D (Amersham et Biorad), scanner à Flurorescence Pharos et densitomètre GS 800 (Biorad), logiciel d'analyse d'image (ImageMasterTM, PD Quest, Progenesis SameSpots), FPLC AKTA Explorer (Amersham), FPLC Ettan LC (Amersham), PF2D (Beckman), chaîne LC-MALDI (Dionex), spectromètres de masse LCQ DecaXP+ (Thermo), LTQ-Orbitrap (Thermo), MALDI-TOF/TOF Ultraflex III (Bruker), MALDI-Q-Tof Premier (Waters), ESI-Q-Tof MicroTM (Waters).
Productions : Pour les 3 domaines, séparation, purification et identification des protéines, réalisation/ an : 720 gels d'électrophorèse 2D (soit 18 gels par semaine, 10 mois par an), 5 à 10 purifications de protéines, 3000 identifications de protéines (soit 75 identifications par semaine, 10 mois par an).
Développements : Quantification par Label Free. fragmentation ETD. Détecteur haute masse.
Projets : Identification des protéines purifiées sur une colonne d'AICAR versus IMP (B. Pinson). Identification du lipoprotéome de bactéries pathogènes minimalistes (L. Béven). Profils protéiques foliaires et efficience d'utilisation de l'eau (L. Bonhomme). Recherche de facteurs de pathogénicité chez Trypanosoma vivax (V. Coustou). Analyse Quantitative de composés d'intérêt thérapeutique dans le plasma sanguin (M.C. Saux). Interaction entre Polyphénols et Protéines salivaires (A. Delcambre). Phosphoprotéome et Carcinome Hépatocellulaire (E. Chevet, J. Rosenbaum). Interactions protéines SNARE-membranes(J. Lang). Protéome de surface et bactéries probiotiques (M. Urdaci). Composés actifs produits par des souches de Bacillus (M. Urdaci). Caractérisation des fluctuations d'un lipidome végétal en réponse à une élicitation (cryptogéine/ tabac (S. Mongrand). Analyse de séquence d'oligo-urées (G. Guichard).
Accès : Accès public/privé.
Personnel : 13
Qualité : Certification ISO 9001:2000 en 2010. BPL.
| IFR145 GEIST - 2 rue du Dr. Marcland - 87025 Limoges |
Description : Plateforme utilisée pour des études coopératives nationales (en particulier des essais cliniques multicentriques). Protéomique urinaire. Dosage ultra-sensible des médicaments, toxiques, pesticides et métabolites. Etudes de métabolismes (identification de métabolites, phénotypage des enzymes du métabolisme)
Spécificités : Probablement la seule structure de l'inter-région disposant de l'ensemble des technologies de spectrométrie de masse pour l'analyse qualitative et quantitative des petites et grosses molécules organiques, ainsi que des métaux et éléments inorganiques. Spectromètres de masse de type MALDI-TOF/TOF, LC-ESI-MS/MS, GC-MS/MS et ICP-MS. Développement de nouvelles méthodes d'identification des composés dans un mélange complexe
Equipement : Spectromètre de masse MALDI-Tof/Tof 4800, Applied-Biosystems. Système de nano-chromatographie liquide Dionex Ultimate 3000. Système de fractionnement automatique Probot Dionex. Pc DELL dual core (HD de 150 Go) d'acquisition des données de spectrométrie de masse. Pc DELL dual core (2 HD de 150 Go) de post-traitement de niveau 1 et de niveau 2. Service de Pharmacologie-Toxicologie, CHU Dupuytren, Limoges : 3 LC-MS/MS à triple quadripôle (2 ThermoFinnigan TSQ Quantum et 1 Sciex API 2000), 2 LC-MS/MS triple quadripolaire à trappe d'ion linéaire (2000QTRAP et 4000QTRAP, Sciex), 1 GC-MS/MS à triple quadripôle (ThermoFinnigan TSQ 7000), 6 GC-MS (Shimadzu, Agilent), 1 ICP-MS (Elan 6100 Sciex)
Haut débit : Systèmes de préparation des échantillons en ligne par turbulent flow chromatography (COHESIVE Technologies) pour l'analyse quantitative des petites molécules organiques
Développements : Développement de nouvelles méthodes d'identification en collaboration avec la société Applied-Biosystems/Sciex
Projets : BIOCOLON (N. Tubiana-Mathieu) : Essai clinique (promoteur CHU de Limoges) dans le cadre du réseau structurant « Caractérisation et évaluation des marqueurs tumoraux, génétiques et cinétiques impliqués dans la réponse au traitement des cancers colorectaux » (thème 3 déterminants pharmacologiques). Mise au point d'une méthode de dosage du 5 fluoro-uracile et de ses métabolites et utilisation pour leur étude pharmacocinétique et l'étude du phénotype d'activité des enzymes d'activation et de catabolisme du 5FU, en rapport avec son efficacité clinique
Perspectives : Recrutement de personnel dédié pour ouvrir plus largement la PF
Accès : Accès public/privé. Tarifs
Qualité : Accréditation Cofrac 2004 pour une partie des activités du Service de Pharmacologie-Toxicologie du CHU de Limoges. Le service dispose d'une responsable assurance qualité (0,5 ETP) et d'un ingénieur qualité (1 ETP). Laboratoire de Pharmacologie Médicale, IFR GEIST : démarche en cours avec l'aide de l'ingénieur qualité du service hospitalier
| IGF - 141 rue de la Cardonille - 34094 Montpellier - |
Localisation : 5 sites
Le pôle PPM est composé de 5 PT/PF : PDige, PPC, PBia, PPR, PPF. Le PPM est référencé comme Grand plateau technique "Protéome de Montpellier". Les plateformes PPF et PPR sont labellisées Ibisa. Le PPM est une structuration régionale des capacités technologiques de l'analyse protéomique présentes dans des plateformes de la région Languedoc-Roussillon. Ses domaines de compétence sont la purification, la séparation des protéines et leur identification par spectrométrie de masse, l'analyse différentielle de profils protéiques et la mesure d'interactions. En biologie, le PPM assure une prise en charge de l'analyse protéomique dans des programmes collaboratifs. En biologie et santé le PPM participe à la recherche de biomarqueurs. Sa composante de protéomique clinique réalise des analyses multiplexées de prélèvements biologiques humains.
Spécificités : Analyse d'interactions en temps réel et sans marquage, Protéomique post-traductionnelle quantitative (MRM), Protéomique Clinique, Recherche et validation de biomarqueurs. Biacore 2000 et Biacore 3000, Technologie MRM, Profil protéique à haut débit, Biochimie préparative, Analyse multiplexe, Très large éventail technologique en spectrométrie de masse. Prélèvements biologiques humains, Cellulaires - fluides biologiques. Projet Anticorps thérapeutiques. Interactions petites molécules- cibles, Tyrosine kinases et cancers. Acquisition de la dernière génération technologique Biacore T100, Construction de ressources protéomiques, Détermination et quantification des modifications post-traductionnelles.
Compétences : Protéomique post-traductionnelle, Condition de travail L2+, équalisation d'échantillon, analyse protéomique d'urines, Analyses en phospho-protéomique et en protéomique différentielle par marquage métabolique.
Haut débit : Le PPM offre un très large accès à des analyses à haut débit, par ses capacités en analyse multiplexée de prélévements biologiques et en analyse de profil protéique (SELDI), disponibles sur ses plateaux techniques de protéomique clinique. Ces technologies complètent des moyens robotisés à l'analyse par spectrométrie de masse à haut débit de la plate-forme.
Projets : INCa Protéomique des fluides biologiques : Validation of the peptidomics methodology for biomarker discovery in body fluids. INCa: protéome et cancer, recommandations pré-analytiques. Tyrosine kinases et cancers : Programmes en collaboration : phospho-protéome associé à Src dans les cancers du colon (Serge Roche - CRBM, Montpellier), rôle des CDKS dans la réplication de l'ADN. (Daniel Fisher - IGMM, Montpellier). Projets libres INCa- 2006: Action mechanism and signalling effectors of the Syk tyrosine kinase, a novel candidate tumour suppressor in breast cancer. PPF et PPR supportent un grand nombre de programmes en Biologie-Santé, et en particulier dans les domaines de la neurobiologie, de la cancérologie et de la parasitologie, ainsi que dans la biologie végétale et l'agronomie.
Perspectives : Demande de labellisation pour l'ensemble du PPM en 2009. Acquisition de nouveaux équipements et personnel technique supplémentaire (1 IE ou IR), Renforcement de l'accent protéomique post-traductionnelle quantitative et typage quantitatif, CHU : Evaluation et implémentation des approches de protéomique clinique avec activités translationelles et transfert vers la clinique, Renforcement des aspects haut-débit et profiling.
Accès : public/privé. Accès avec accompagnement et formation validée. Certaines technologies dont l'utilisation réclame une expertise particulière sont utilisées uniquement par les personnels compétents des différents plateaux. Prestations effectuées dans le cadre de projets scientifiques. Choix et pertinence des analyses à effectuer font l'objet d'un accord contractuel entre porteur de projet et personnel. Mise en ligne de fiches projets en cours d'expérimentation puis disponible sur l'ensemble des sites. Demandes effectuées via les contacts accessibles sur les sites WEB des PF. Le site web www.ppm.cnrs.fr en cours de construction permettra la prise de contact en ligne vers les différentes technologies proposées au sein du PPM. Tarifs en ligne.
Personnel : 26 sur les 5 PF
Qualité : Accréditation ISO 9001 en cours. Les PF du PPM sont engagées dans une démarche qualité avec pour objectif une certification de type ISO 9001. Le comité de gestion veille à faciliter une harmonisation des démarches et une mise en commun des compétences déjà acquises et des moyens en personnels qualifiés.
Plateforme de protéomique et robotique (PPR) | Plateforme de protéomique fonctionnelle (PPF) |
Plateforme de protéomique clinique (PPC) Plateau d'analyse Biacore (PBia) | Plateau Dige (PDige) |
| PPM - UR 1199 INRA - 2 place Viala - 34060 Montpellier- |
Compétences : Analyse protéomique à large échelle. Modifidations post-traductionnelles. Biochimie préparative. Analyse de phosphoprotéomes. Analyse quantitative de l'expression des protéines. Analyse de réseaux multiprotéiques complexes dans la signalisation cellulaire.
Equipement : Analyse protéomique à large échelle. Spectromètre de masse MALDI-TOF-TOF Ultraflex, Bruker. Spectromètre de masse ESI-IT Esquire, Bruker. Nano-HPLC, Agilent. Modifications post-traductionnelles : spectromètre de masse q-IT, Applied Biosystem. Biochimie préparative. Analyse d'image (ImageMaster, SameSpots). Prévu : remplacement d'un appareil de type trappe ionique 3D par un appareil plus performant sur le site PPR, le Q-TOF Agilent 6510, interfacé avec le système microfluidique HPLC Chip Cube pour la nano LC. Outre l'originalité du couplage nano HPLC-Chip/Q-TOF qui lui confère des qualités d'analyse à débit élevé en protéomique d'identification grâce à la rapidité des analyses sur Chip, cette configuration permettra la mise en œuvre de stratégies originales en protéomique post-traductionnelle.
Haut débit : De l'ordre de 4000 analyses LC-MS-MS/an
Développements : Construction de ressources protéomiques.
Perspectives : Renforcement de l'accent protéomique post-traductionnelle quantitative et typage quantitatif. Demande d'un poste AI informaticien (campagne 2008).
Accès : public/privé.
Personnel : 5,3
Qualité : Certification ISO 9001 (nov. 2008).
| PPM - IGF, 141 rue de la Cardonille - 34094 Montpellier- |
Compétences : Analyse protéomique à large échelle. Protéomique différentielle. Modifications post-traductionnelles. Biochimie préparative. Analyse de phosphoprotéomes. Analyse quantitative de l'expression des protéines. Analyse de réseaux multi protéiques complexes dans la signalisation cellulaire.
Equipement : Analyse Protéomique à large échelle : robot fluidique FreedomEVO, TECAN - Robot digester-spotter de protéines, spectromètre de masse MALDI-TOF-TOF Ultraflex, Bruker, Protéomique différentielle - Modifications post-traductionnelles, spectromètre de masse q-TOF Q-STAR, Applied Biosystem , Nano-HPLC, DIONEX. Biochimie préparative : systèmes d'électrophorèse 1D et 2D (IPGphor, Amersham-Pharmacia, analyse d'image (ImageMaster, SameSpots). Prévu : Acquisition en 2008 d'un spectromètre de masse à transformée de Fourier (ORBI trap - Thermo-Electron), technologie répondant aux exigences de nouvelles séquences d'analyses ainsi qu'aux critères de résolution et de sensibilité émergente au niveau international.
Développements : Analyse quantitative en phosphoprotéomique.
Accès : Voir PPM
Personnel : 5,4
Qualité : Certification ISO 9001:2000 pour le domaine : "Recherche, expertise et prestations en protéomique dans les domaines de la biologie et de la santé" (avril 2008)
| PPC - 2 localisations - Laboratoire de Biochimie, Hôpital St. Eloi, Institut de Recherche en Biothérapie (IRB),80, av A. Fliche - 34295 Montpellier |
Description : Utilisation et évaluation de la qualité des prélèvements. Mise en place de programme de recherche et de validation de bio-marqueurs. Purification et identification de bio-marqueurs. Pré-traitements d'échantillon. Profil protéique à haut débit. Biochimie préparative. Analyse de peptides. Analyse multiplexe de prélèvements biologiques. Biochimie préparative.Condition de travail L2+, équalisation d'échantillon, analyse protéomique d'urines.
Equipement : Profil protéique à haut débit : surface-Enhanced Laser Desorption/Ionization (SELDI-TOF), clinprot (logiciel et système de pre-fractionnement). Biochimie préparative : systèmes d'électrophorèse 1D et 2D (IPGphor, Amersham-Pharmacia), analyse d'image (ImageMaster, SameSpots), HPLC, FPLC. Analyse de peptides : MALDI TOF. Analyse multiplexe de prélèvements biologiques : Multiplexe bioplex Biorad. Pré-traitement d'enchantillons : pré-fractionnement, Rotofor, Proteominer (equalisation). Prévu : Robot de manipulation d'échantillon
Projets : PPC est centrée sur la possibilité de réaliser des analyses à haut débit sur des échantillons cliniques à la recherche de nouveaux marqueurs dans des pathologies complexes: Maladies neurologiques, Maladies cardio-vasculaires, Cancérologie, Diabète. La capacité à travailler sur des prélèvements humains en grand nombre est appuyée par des compétences bioinformatiques et statistiques et par le lien fort avec les structures cliniques et biologiques du CHU de Montpellier et de Nîmes et avec les autres plateformes du PPM
Perspectives : CHU : Evaluation et implémentation des approches de protéomique clinique avec activités translationelles et transfert vers la clinique. Renforcement des aspects haut-débit et profiling
Accès : Accès public/privé. Tarifs
Personnel : 2,35
Qualité : Evolution du référentiel qualité vers la norme NF EN ISO 9001, 15189.
| PPM - Centre IRD - 911 avenue Agropolis - BP 64501 - 34394 Montpellier |
Description : Plateau d'analyse différentielle sur gels. Séparation et analyse différentielle des protéines par l'analyse en gels bidimensionnels après marquage des échantillons à l'aide de fluorochromes (CyDyes)
Equipement : Analyse différentielle sur gel : scanner à fluorescence Typhoon 9400, scanner Densitomètre PDSI
Accès : Voir PPM
| PPM - CPBS - Faculté de pharmacie - BP14491 - 34093 Montpellier |
Description : Analyse d'interactions en temps réel et sans marquage. Biacore 2000 et Biacore 3000. Projet anticorps thérapeutiques, interactions petites molécules- cibles. Développement technologique : acquisition de la dernière génération technologique Biacore T100
Compétences : Analyse d'interactions en temps réel et sans marquage. Analyse cinétique des interactions (technologie Biacore) : protéines, peptides, lipides, virus, petites molécules, acides nucléiques. Applications majeures: anticorps thérapeutiques et interaction petites molécules-cibles, petites molécules-protéines sériques
Equipement : Analyse d'interaction Biacore 3000, Biacore 2000. Projet : acquisition d'un analyseur T100 de mesure d'interactions par Résonance plasmonique de surface, redynamisation au niveau national
Accès : Voir PPM
Personnel : 2
Qualité : ISO 9001 en cours
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| IFR122 - CNRS Montpellier - UMR 5237 CRBM - 34293 Montpellier |
Prestations : Expression et purification (échange d'ions, affinité, gel filtration, ...) des protéines recombinantes obtenues dans différents systèmes procaryotes (bactérie - différentes souches d'E.coli) ou eucaryotes (baculovirus, cellules S2 de drosophile, cellules de mammifères). Différentes étapes de clonage, optimisation d'expression, scale-up et purification proposées indépendamment. Collection de vecteurs et de souches bactériennes ou cellulaires mise à la disposition des utilisateurs si nécessaire. Conseils et soutien technique (analyse de projets, clonages à façon dans les différents vecteurs d'expression, optimisation de productions,...)
Equipement : Biologie moléculaire : culture cellulaire, équipement de production bactérienne jusqu'au fermenteur, broyeur de cellules / cross flow, purification de protéines (ÄKTA) 2 appareils. Prévu : robot de pipetage, batterie de micro-multifermenteur.
Développements : Recherche de nouveaux systèmes d'expression.
Modèles : Système d'expression dans différents systèmes E. coli, baculovirus, cellules S2 de drosophile, cellules de Mammifère.
Perspectives : Augmentation de la qantité de production (fermentation de 20 à 100 L).
Personnel : 3
Accès : Accès public/privé. Tarifs.
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Site Principal (IPBS)
La plateforme est organisée en réseau très interactif autour du site principal situé à l'IPBS (21 personnes) et de 3 sites de proximité (IFR 150, 5 Ingénieurs) implantés sur les centres hospitaliers toulousains (CHU Rangueil, CHU Purpan et Institut Claudius Regaud). Elle propose l'ensemble des stratégies les plus performantes dans l'analyse protéomique en s'appuyant sur une technologie « up to date». Structure très engagée en R&D : protéomique quantitative et bioinformatique, analyse de modifications post-traductionnelles et de sous-protéomes, interactions biomoléculaires, Identification de biomarqueurs et de protéines minoritaires.
Description : Plateforme intégrée dans l'Equipe de Recherche en Protéomique localisée à l'IPBS (CNRS) Identification de protéines, Analyse de mélanges complexes, Caractérisation de Modifications post-traductionnelles, Identification de complexes protéiques : Interactions protéines/protéines, caractérisation de partenaires. Protéomique quantitative différentielle. Développement de nouveaux outils informatiques/bioinformatiques (Label Free). Nouvelles stratégies pour l'accès aux protéines minoritaires. Nouvelle génération d'Instruments Haute résolution FT-Orbitrap (3) : XL, Velos ETD .
Equipement : Spectrométrie de Masse : Maldi Tof DE-STR Maldi (ABI-2001), Tof-Tof (4700, ABI-2003), nLC Qq-Tof MS/MS (QSTAR XL, ABI-2003), nLC- FT-Orbitrap MS/MS (LTQ-FT-Orbitrap 2006 Thermo Finnigan), nLC-FT-Orbitrap Velos (12/2009 ThermoFinnigan), nLC-LTQ-FT-Orbitrap Velos ETD (12/2009 ThermoFinnigan), nLC-QqTrap 5500 ABI (01/2010). Robotique : préparation d'échantillons (Multi probe II Packard 2002), robot dépôt couplage off line Maldi/nLC. Séparations de protéines / Electrophorèse : cuve Multi Gels Electrophorèse 2D (Biorad, Pharmacia), LC 2D de protéines : Proteom Lab (Beckman) (IFR 30). Analyseur d'Images : scanner gels 2D (BIO Rad), scanner Typhoon (Amersham GE), logiciels Image Master Platinum, Decodon et Decyder Progenesis. Informatique/Bioinformatique : LIMS (ePIMS), stockage et sauvegarde données (système SAN System Area Network : ~50 To), réseau interne et serveurs banques protéines, logiciels Mascot, Sequest, MSQuant, Phenix, Peaks, MFPaQ, Ingenuity, Protein Center. Analyse d'Interactions Biomoléculaires : Biacore 3000 (IFR 31).
Haut débit : Stratégie de Type « shotgun » et 2D LC de protéines. Protéomique et développement d'outils informatiques pour la validation et la quantification de protéines (SILAC, iTRAQ, Label Free). Maldi Tof-Tof et haut débit. Robotique préparation d'échantillons, Couplage LC-Maldi.
Développements : Bioinformatique et Protéomique, Protéines minoritaires, Biomarqueurs, Modifications post-traductionnelles; Phospho et Glycoprotéomique. 4 brevets, Licences.
Projets : Très impliquée dans des programmes protéomique et cancer. Instabilité génétique et cancer : Toulouse (C. Cazaux, M. Defais, B. Salles, A. Khamlichi), Montpellier (M. Mechali, JM Lemaitre, Th Lorca, PE Stoebner). Angiogenèse : Toulouse (JPh. Girard, H. Prats), Bordeaux (A. Bikfalvi). Hémopathies malignes : B. Payrastre, S. Manenti, P. Lutz. Cycle cellulaire : B. Ducommun, Signalisation (P. Raynal, G. Favre). Projet National Protéomique et bio marqueurs INCa. Projet Collaboratif : Cancéropôle CLARA (F. Berger) / GSO (B. Monsarrat). Programmes Fondation InNaBio-Santé (Nancy, Grenoble).
Perspectives : Nouveaux développements en bioinformatique et dans la détection d'espèces minoritaires. Mise en place de nouveaux équipements dernière génération.
Accès : public/privé.
Personnel : IPBS : 21 (5 Chercheurs, 10 Ingénieurs, 3 Post-docs, 3 Etudiants en Thèse)
Qualité : Accréditation ISO 9001:2008 obtenue en 2006 renouvelée en 2009, étendue, pour la 1ère fois dans un laboratoire public de recherche, aux activités de recherche fondamentale. Certification LRQA
Site Partenaire (IFR150) : Plateau Interactions et Profils d'expression protéiques
Resp. : Frédéric Lopez - Tél. 05 61 32 56 43
CHU Rangueil- Bât L4 - BP 84225 - 31432 Toulouse cedex 4
Site
Localisation : 3 sites; CHU Purpan, Institut Claudius Regaud, CHU Rangueil
Description : Ensemble de ressources, compétences et conseils dans le domaine du fractionnement, du profil d'expression et des interactions protéiques. Fractionnement protéique : chromatographie liquide 2D, identification et collecte des protéines par spectrométrie de masse. Profils d'expression protéique par 2D-DIGE, CE-MS et SELDI-TOF: Mesure des interactions moléculaires in vitro par surface plasmon resonance (SPR).
Equipement :
- Fractionnement protéique : Beckman Coulter PF2D, collecteur de fractions Gilson, Rotofor-cell (Biorad)
- Profils d'expression protéique : Biomek 2000, Beckman Coulter pour prétraitement des échantillons et préparation des barrettes, PCS 4000 version entreprise (ProteinChip Reader Biorad) ou SELDI (acquisition des profils protéiques, densitomètre GS800 PC 2D pour l'analyse des gels 2D).
Equipement 2D-Dige, GE Typhoon 9400: lecture luminescence, radioactivité, fluorescence (Laser 488 nm, 532 nm et 633 nm). GE Ettan Spot Piker pour le Picking manuel et automatique. Appareillage de type "Chip"-MS pour l'identification des protéines.
Système profiling peptidique (CE-MS) par électrophorèse capillaire (PA800 Beckman) couplé à la spectrométrie de masse (microTOF Bruker).
- Interactions protéiques : Biacore 3000, système d'analyse des interactions moléculaires, principe de la SPR, 4 canaux indépendants, 4 mesures simultanées, fonction « recovery » pour récupération et identification de partenaires, Biorad Proteon XPR36, système d'analyse des interactions moléculaires, principe SPR, 6 canaux indépendants, fonction « one-shot kinetic » pour mesure simultanée de 36 points d'interactions.
Développements : bio-informatique, profiling et protéomique clinique
Perspectives : achat nouveaux équipements SPR, imagerie MALDI
Accès : public/privé.
Personnel : 7
Qualité : en cours, par extension de la norme ISO 9001:2OOO mise en place sur site principal de la Plateforme Protéomique à l'IPBS
05 57 12 26 90
