Analyse des données issues des techniques d'investigation génique : CGH-array, transcriptome, génotypage et séquençage, biologie structutale ...
Un outils de recherche des compétences en Bioinformatique-Biostatistiques au sein du Cancéropôle GSO est à votre disposition : Canceropole Network Competencies database (cliquez ici). |
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) - CGFB Centre de traitement des données pour les essais en cancérologie (CTD)Plate-forme de méthodologie de la recherche et de bio-informatique Centre de traitement des données de Montpellier (CTD)IMGT® , the international ImMunoGeneTics information system®Service de biomathématique et de bioinformatique de l'IRB Plateforme de bioinformatique du LIRMMEquipe Biostatistique EA2415 / BESPIM - CHU de NîmesPlateforme bioinformatique - Genotoul Plateforme bioinformatique - IFR150Plateforme biostatistique - Genotoul Centre de bioinformatique CEEI Theogone
| Resp. scien. : Dominique Rolin - |
Le Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB) regroupe 6 plateformes : le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), le Pôle Protéomique, la plateforme Métabolome Fluxome, la plateforme Génome - Transcriptome, Le Bordeaux Imaging Center (BIC) et La Plate-forme de Biologie Structurale. Ces plates-formes vont continuer à mutualiser du personnel et des équipements au service de la communauté scientifique bordelaise.
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) | Bordeaux Imaging Center (BIC) |
Plateforme Génome - Transcriptome de Bordeaux Plateforme Métabolome Fluxome de Bordeaux | Plateforme de Biologie Structurale de Bordeaux Pôle Protéomique de Bordeaux |
  | Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux - Centre de Bioinformatique de Bordeaux, 146 rue Léo Saignat - Case 68 - 33076 Bordeaux cedex - |
Description
Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) est un des composants du Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB). Il a pour vocation de fédérer et de stimuler les projets de recherche en bioinformatique, de satisfaire les besoins bioinformatiques liés aux activités de recherche des laboratoires de biologie de la région et d'être un centre de ressources ouvert à l'ensemble de la communauté via le web.
Equipement
Le CBiB dispose d'une capacité de calcul assurée par un total de 32 CPUs et d'un espace de stockage d'environ 5,2 To.
Compétences, prestations originales dans le GSO
- Hébergement et exploitation de programmes et bases de données publiques.
- Hébergement et exploitation d'applications et/ou de données protégées par un accès sécurisé.
- Développement, exploitation et maintenance de bases de données et de services innovants d'intérêt national ou international.
- Réalisation de travaux de développement logiciel et/ou bioanalyse à façon.
- Encadrement de travaux d'ingénierie bioinformatique ou de bioanalyse
- Accueil et formation des utilisateurs de programmes bioinformatiques et de bases de données.
- Accueil et formation de biologistes à la programmation.
- Organisation de formations spécialisées
Dispositif haut débit
Le CBIB est partenaire du Pôle M3PEC/Mésocentre de la DRIMM (Direction des Ressources Informatiques et Multimédia Mutualisées) de l'Université Bordeaux 1. La plateforme offre à ses partenaires des moyens de calcul de très haute performance. Le supercalculateur actuel qui vient d'être installé est un IBM P575 offrant pour l'interactif 1 noeud de 16 processeurs cadencés à 1,9 GHz et 64 Go de mémoire, et pour le traitement par lots 14 noeuds de 16 processeurs chacun, cadencés à 1,5 GHz et avec 32 Go de mémoire, soit 224 processeurs délivrant une puissance de crête de 1,34 Tflops et 448 Go de mémoire distribuée.
Le CBiB participe au groupe de travail bioinformatique et grille de calcul mis en place dans le cadre du réseau ReNaBi et animé par Christophe Blanchet
Accès : accès libre pour les applications en ligne, rencontre préalable pour faisabilité des projets nécessitant des prestations d'ingénierie. Tarifs spécifiques pour le privé.
Personnel : 9
Qualité : le CBiB a été évalué par la Commission Nationale des Outils Collectifs (CNOC) de l'INRA en 2008 et a été retenu comme plateforme stratégique. Démarche qualité norme ISO 9001 en cours.
Centre de traitement de données (CTD) pour les essais en cancérologie de Bordeaux - Label INCa
Resp. : Simone Mathoulin-Pélissier 
05 56 33 33 98
Resp. adjoint : Adélaïde Doussau 05 56 57 56 63
Contact - Site
Localisation: Simone Mathoulin-Pélissier - Institut Bergonié - 229, cours de l'Argonne - 33076 Bordeaux cedex
Description : Développement d'essais cliniques académiques pour tous les types de cancer, spécificité pour les sarcomes. Expertise méthodologique de haut niveau (choix de schémas optimaux, essais complexes, analyses à long terme). Qualité des données (e-CRF, randomisation, data-management).
Equipement : Travail de collaboration et accès aux équipements et logiciels des unités : Unité de Recherche et Epidémiologie Clinique (UREC) de l'Institut Bergonié, Unité de Soutien Méthodologique à la Recherche clinique (USMR) du CHU de Bordeaux, Inserm U897 (Epidémiologie et Biostatistique, CIC-EC 7) et Institut de Santé Publique, Epidémiologie et Développement de l'Université Bordeaux 2 (ISPED).
Développements : programmes d'innovation méthodologique dans le CTD et dans 2 réseaux européens : Tenalea et Ecrin.
Projets : 17 essais cliniques et études liées à des essais cliniques en 2009. Exemples : Études Optimon, évaluation de l'efficacité et du coût de 2 stratégies de monitorage pour la recherche clinique institutionnelle (G. Chêne). Etude Oncodage, validation d'un outil de dépistage gériatrique en oncologie (P. Soubeyran, M. Rainfray).
Perspectives : Développement de l'axe méthodologique et ouverture à d'autres promoteurs du CGSO et du territoire national.
Personnel : 2 et personnel des unités constituantes.
Qualité : Mise en place des procédures opératoires standardisées propres à la structure et démarche commune avec le référentiel qualité des CIC (HP-CIC 2010).
Unité Fonctionnelle de Recherche - Clinique et Biostatistique - Faculté de Médecine - 2 rue du Dr Marcland- 87025 Limoges cedex
Resp. CEBIMER : Pierre Marie PREUX, 05 55 43 59 84
bbbbbCHU Limoges, laboratoire d'hématologie : Abdelghafour MARFAK, 05 55 05 61 80
Description
Plate-forme de gestion et d'analyse statistique des données pour les PHRC nationaux, inter-régionaux et locaux et analyses statistiques bio-informatiques appliquées à l'étude des cancers.
La plateforme est membre du RFUEC : Réseau Français d'Unités d'Essais Cliniques.
CEBIMER
1. Aide méthodologique pour l'élaboration de protocoles hospitaliers de recherche clinique
Gestion de bases de données cliniques sous Capture System. Analyses statistiques sous SAS et SAS Enterprise Guide
2. Manipulation des données à haut débit (Puces à ADN et PCR) pour l'étude du transcriptome :
* Aide au choix des méthodes statistiques adéquates (re-échantillonnage, Score discriminant, ANOVA)
* Identification des profiles d'expression spécifiques à chaque type de lymphome
* Recherche des réseaux de gènes co-régulés
* Classification des données (méthodes de calcul de similarité et dissimilarité)
3. Etude de la sélection d'antigène par les mutations somatiques :
* Séquençage et alignement des séquences ADN
* Aide au calcul et développement logiciel pour l'étude des mutations somatiques des gènes IgVH
4. développement d'outil mathématiques et logiciels pour standardiser des données issues de différents cytomètres.
Equipement
Serveur IBM quadri-processeurs, logiciel Capture System (Data management), SAS 9.13 client serveur, MedCalc, Nquery Advisor, Epi-Info. Les Dictionnaires MedDRA et WHO-DRUG sont en cours d'acquisition.
Compétences, prestations originales dans le GSO
* Conseil méthodologique, création de listes de randomisation et gestion pratique de la randomisation tout au long du protocole, élaboration et gestion des bases de données,
* Déclaration a la Commission Nationale Informatique et Libertés, contrôle et validation des données, extraction des données, analyse statistique et aide à la valorisation.
* Aide à l'analyse des données produites par étude des séquences de gène (études des mutations), par études haut-débit (PCR et Transcriptome) et par cytométrie en flux.
Projets INCa-Cancéropôle GSO
PHRC National : Profils d'Expression Génique et Etude de la Différentiation Plasmocytaire dans les Lymphomes B du Lymphocyte B Commise dans la Réponse Immune Secondaire, Pr Jean Feuillard.
Réseau Biocolon.
Centre de traitement de données de Montpellier - Parc Euromédecine - 34298 Montpellier cedex 5 - Label INCa
Resp. : Jean-Pierre Bleuse
Resp. Opérationnelle : Sophie Gourgou-Bourgade
Objectif : Mission de gestion, d'analyse des essais thérapeutiques, suivi et développement de nouvelles méthodologies afin de proposer de nouveaux outils biostatistiques et informatiques permettant une optimisation de l'interprétation des résultats d'études cliniques ou biologiques.
Description : Les principaux projets de recherches portent sur les marqueurs tumoraux et biopuces, les essais d'association de plusieurs drogues, les études des effets à long terme, les interactions toxicité-efficacité, les règles d'arrêt précoce des événements indésirables graves, la qualité des essais cliniques en oncologie.
Equipement : logiciels spécialisés planification des essais (EaST) ; randomisation (TenAlea) ; gestion des données biomédicales (Clinsight/Capture System) ; analyse statistique (Stata et SAS).
Projets : en plus de la gestion des essais thérapeutiques et des bases de données, développement de 2 axes : développement de nouveaux outils méthodologiques en biostatistique appliquée au cancer (arrêts précoces dans les essais basés sur une surveillance séquentielle des effets indésirables graves, évaluation des définitions des critères de survie utilisées dans des revues médicales, évaluation des méthodes statistiques des essais de phase II publiés dans des revues de cancérologie), méthode biostatistique appliquée à la recherche fondamentale biologique (évaluation de l'efficacité et de la tolérance des modulateurs de réponses biologiques, essais d'intervention et prévention, évaluation de signature génétique prédictive de la réponse aux traitements).
Production : développement de logiciels de stratégie d'escalade de doses dans les essais de phase I (np1), d'évaluation multi variée des marqueurs tumoraux (mROC), d'évaluation des effets récurrents et transitoire à long terme (preval).
Qualité : Nombreuses procédures rédigées et mises en place pour assurer une homogénéité dans l'exécution de différentes tâches, en respectant la législation.
Personnel : 9
 | IMGT - LIGM - Institut de Génétique Humaine IGH |
Descriptif : IMGT®, créé en 1989 par MP Lefranc à Montpellier (Université Montpellier 2 et CNRS) est le premier et, à ce jour, le seul système d'information intégré en immunogénétique au niveau mondial. Il est la Référence internationale en immunogénétique et immunoinformatique. IMGT® est une marque déposée du CNRS (Union Européenne, Canada et Etats-Unis). IMGT® est spécialisé dans les séquences, structures et données génétiques:
- des immunoglobulines (IG) ou anticorps, des récepteurs T (TR) et du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) des vertébrés,
- des protéines des superfamilles IgSF et MhcSF et des protéines apparentées du système immunitaire (RPI) des vertébrés et invertébrés,
- des anticorps monoclonaux (mAb) et des protéines de fusion (FPIA) à visée thérapeutique.
IMGT® comprend des bases de données, des outils interactifs et des ressources Web. IMGT® est utilisé par des scientifiques et des industriels, en recherche fondamentale, vétérinaire, pharmaceutique et médicale, en génomique, en biotechnologie relative à l'ingénierie et à l'humanisation des anticorps et dans les approches thérapeutiques (greffes, immunothérapie, vaccinologie). Equipement : 20 postes, 8 serveurs, 37 CPUs, 6 To d'espace disque.
Compétences, prestations originales dans le GSO : IMGT® comprend :
1) six bases de données: trois de séquences (IMGT/LIGM-DB, IMGT/MHC-DB, IMGT/PRIMER-DB), une de gènes (IMGT/GENE-DB), une de structures tridimensionnelles (3D) (IMGT/3Dstructure-DB) et une d'anticorps à visée thérapeutique (IMGT/mAb-DB),
2) quinze outils interactifs en ligne pour l'analyse de séquences (IMGT/V-QUEST, IMGT/JunctionAnalysis, IMGT/DomainDisplay, IMGT/DomainGapAlign, etc.), de gènes (IMGT/GeneInfo, IMGT/GeneFrequency, etc.) et de structures (IMGT/Collier-de-Perles, etc.)
3) des ressources Web avec plus de 10.000 pages (IMGT Scientific chart, basé sur les concepts d'IMGT-ONTOLOGY, IMGT Repertoire , IMGT Education, etc.).
Les bases de données, outils et ressources Web d'IMGT® sont utilisés pour l'analyse :
- des séquences du répertoire des sites anticorps et des récepteurs T dans les maladies autoimmunes et infectieuses, SIDA, leucémies, lymphomes, myélomes,
- des séquences du répertoire immunitaire des animaux modèles,
- de la diversité des gènes et de l'évolution du système immunitaire adaptatif chez les vertébrés,
- des séquences des IG et TR pour la détection et le suivi des maladies résiduelles,
- des mutations des IG comme facteur de pronostic de la leucémie lymphoïde chronique,
- des séquences et structures en biotechnologie relative à l'ingénierie et à l'humanisation des anticorps dans les approches thérapeutiques (IG/antigène, récepteurs T/peptide/MHC, HLA chez l'homme).
Synergies : Ensembl (EBI), Vega (Wellcome Trust Sanger Institute), UniProt (SIB), Entrez Gene (NCBI).
Personnel : 16.
Appartenance à un réseau collaboratif : IMGT® est Plate-forme Bioinformatique IBiSA (depuis 2007), RIO (depuis 2001), membre du Réseau National des plates-formes Bioinformatiques (ReNaBi), partenaire d'ELIXIR, membre de l'European Research Initiative on CLL (ERIC), membre du GDR Bioinformatique Moléculaire (BiM) et du GDR Anticorps et ciblage thérapeutique, Grand Plateau Technique pour la Recherche (GPTR) Languedoc-Roussillon. IMGT® est membre institutionnel de l'International Medical Informatics Association, IMIA.
IRB/Inserm U 847 - CHU Saint-Eloi - 80 Av. Augustin Fliche - 34295 Montpellier cedex 5
Resp. : Thierry Rème 04 67 33 01 92 - site
Description : Exploitation des données biologiques à haut-débit (transcriptome par puces, PCR, ..) rapprochées des données cliniques de patients de pathologie documentée pour construire des outils de classifications diagnostique, pronostique et en réponse aux traitements, à partir de méthodes biomathématiques de référence ou développées en propre.
Utilisation de ces outils pour prédire la classification et l'orientation thérapeutique des nouveaux patients, ainsi que pour extraire de nouvelles cibles thérapeutiques des données.
Compétences, prestations originales dans le GSO : Développement d'un outil web accessible aux scientifiques et cliniciens non spécialisés, permettant de filtrer, trier et analyser avec les méthodes statistiques supervisées et non supervisées, d'établir les liens avec les autres sites web de bioinformatique, de visualiser et comparer des courbes de survie (rechute, décès) dans des cohortes choisies. Démonstration du site "Remote Analysis of Gene Expression"
Synergies avec d'autres plateformes : Plateforme de Transcriptome de l'IRB Montpellier (B. Klein)
Projets INCa-Cancéropôle GSO
- Modèles in vitro du myélome (B. Klein, R Bataille), INCa
- Cellules souches mésenchymateuses dans le myélome multiple (P. Bourin, Toulouse)
- Gliomes (JP Hugnot, D. Joubert, L. Bauchet, Montpellier)
Personnel : 1
Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier - LIRMM UMR 5506, Université Montpellier 2 - CC 477, 161 rue Ada - 34095 Montpellier Cedex 5
Resp. : Eric Rivals 04 67 41 86 64 site
Description La plateforme est dédiée à l'analyse bioinformatique de données transcriptomiques ou génomiques obtenues par séquençage haut-débit, et met aussi à disposition un logiciel pour l'analyse de données d'expression issues de puces. Elle propose des services d'analyse de reads 1) RNA-seq, 2) de Digital Gene Expression (DGE) ou SAGE, 3) génomiques.
Services 1 et 2 : comprennent la localisation rapide sur un génome de référence intégrant la longueur des reads, le contrôle des erreurs de séquences, des fausses localisations, l'estimation des taux d'erreurs de prédiction (type I et II), la prédiction de jonctions exon-exon. Une étape supplémentaire classifie et annote relativement au génome de référence les transcrits connus, les variants et les ARN nouveaux.
Service 3 : inclut la localisation sur un génome de référence et les mêmes contrôles méthodologiques que pour les services 1 & 2.
Services à venir :
- prédiction de positions variables (SNP, insertions, délétions)
- localisation comparative sur le génome de référence et des génomes cancéreux pour la prédiction de mutations ou d'ARN variants.
Autres outils : classification et analyse des données d'expression par hybridation avec le logiciel PermutMatrix. À partir d'un tableau de données d'expression gènes vs conditions, recherche des structures de classe (clustering), ou organisationnelle (sériation) dans les données de manière interactive.
Personnel : 1 permanent, 1 temporaire
Institut Universitaire de Recherche Clinique, 641 avenue Gaston Giraud, 34093 Montpellier
Equipe biostatistique EA2415 - Equipe de recherche site
BESPIM - CHU de Nîmes - Service hospitalier site
Resp. : Jean Pierre Daurès . 04 67 41 59 21
Description : L'équipe de recherche développe des modèles biostatistiques pour la recherche clinique. Le service hospitalier soutient les projets de recherche clinique sur le plan méthodologique. 3 axes de recherche principaux : méthodes d'analyse des données de grandes dimensions, méthodes d'analyse des données de cohorte, recherche translationnelle.
Projets : équipes associées à divers projets INCa, Cancéropôle GSO et PHRC. Exemples : analyse des attractivité des établissements hospitaliers pour la prise en charge des cancers, analyses protéomiques de la réponse au traitement dans le cancer du sein, analyses génomiques en cancérologie ORL, rôle des cellules circulantes pour la survie de patientes atteintes d'un cancer du sein.
Personnel : 20.
 | Genotoul - INRA BIA- Auzeville BP 52627 - 31326 Castanet-Tolosan  Resp. scientifique : Chrisitne GASPIN 05 61 28 52 82 - siteResp opérationnel : Christophe KLOPP |
Description : Mise à disposition d'une infrastructure adaptée et performante, des principales banques de données (séquences) et des logiciels de base de la bioinformatique. Appui aux programmes scientifiques de biologie et de bioinformatique.
Service : Calcul à grande échelle, espace de stockage, formation à l'utilisation de l'infrastructure. Mise à disposition des principales banques de séquences en biologie (Genbank,...) et logiciels de base en bioinformatique (BLAST, SRS,...). Formation aux méthodes et outils de la bioinformatique. Appui aux programmes scientifique (traitement des séquences issues des nouvelles technologies de séquençage haut débit (454, Solexa...): nettoyage/assemblage de séquences, recherche de polymorphismes, annotation de génomes, métagénomique, Chip-seq... ; prédiction de gènes (protéines, ARN) ; analyse comparative de génomes,...
Equipement : Baie de stockage de 50 To. Cluster de calcul (400 coeurs). Serveurs de virtualisation (>30 machines virtuelles) et serveurs de fichiers et de bases de données
Projet : La plateforme coordonne un projet IBISA de prédiction et d'annotation des ARN non codant (http://www.rnaspace.org). Plus d'une dizaine de projets sont aussi réalisés annuellement, essentiellement autour du traitement des données issues des nouvelles technologies de séquençage.
Accès : Accès via le site web (logiciels avec site web). Demande d'ouverture de compte utilisateur ou projet,...). Demandes d'appui aux programmes scientifiques (email à anim.bioinfo@toulouse.inra.fr).
Personnel : 3,4 permanents et 3 CDD (Mai 2010)
IFR150 - Inserm Bât. L4 #106, CHU Rangueil, BP 84225, 31432 Toulouse Cedex4 France - Site Resp. scientifique : Hervé Prats - 05 61 32 21 44
Resp. opérationnel : Jason Iacovoni - 05 61 32 56 18
Description : l'objectif premier du plateau est de développer des logiciels bioinformatiques personnalisés afin de faciliter l'utilisation de nouvelles technologies et l'accès aux base de données génomique. De plus, le plateau peut mettre en place des analyses complexes sur UNIX avec des programmes développés au sein du plateau ainsi que ailleurs dans le monde. Le plateau existe aussi pour former les chercheurs sur les utilisations des logiciels bioinformatiques et UNIX. Génomique : analyses de site de liaison de facteurs de transcription, recherche de motifs pertinents. Transcriptomique : annotation fonctionnelle de micro-array, Bioconductor/R scripting. Transcrits : analyse des régions UTR, prédiction de cibles de micro-ARN. Protéines : recherche dans des bases de données non traditionnelles.
Spécificités : développement des logiciels et bases de données spécifiques pour répondre à des questions originales. Collection de logiciels : "GeneHuggers".
Projets : divers projets avec des équipes de l'Inserm (Rangueil et Purpan) et le CNRS (UPS), allant de la génomique à la transcriptomique et la protéomique. Actuellement actif dans des projets majeurs impliquant des technologies de séquençage haut débit telles que le ChiP-Seq et la métabolomique.
Personnel : 2
 | Inst. de Mathématiques - UMR CNRS 5219 - Univ. de Toulouse - INSA - 31077 Toulouse cedex 4 Resp. scientifique : Philippe Besse - 05 61 55 61 42 - siteResp. opérationnel : Sébastien Déjean |
Description : La plateforme mutualise les compétences des chercheurs en mathématiques et biologie pour l'étude des données générées par la biologie quantitative à haut débit. Elle apporte une expertise et un accompagnement pour l'utilisation et le développement de méthodologies statistiques et logiciels appropriés.
Service : Montage et accompagnement de projets scientifiques impliquant la génération et l'analyse de tout type de données quantitatives à haut débit (transcriptomique, protéomique, métabolomique, interactions moléculaires etc.). Veille scientifique et technique autour de l'analyse statistique des données issues des technologies de la biologie quantitative à haut débit. Animation scientifique de groupes de travail mensuel et atelier national annuel. Développement de nouvelles méthodes d'analyse statistique pour répondre à de nouvelles questions biologiques. Les outils développés (publications, logiciels, supports de cours) sont en libre accès sur le site de la plateforme.
Développements : Outils développés (publications, logiciels, supports de cours) en libre accès sur le site web.
Formation : Analyse statistique exploratoire (fouille de données), classification et hiérarchisation des résultats ; Modèles explicatifs et tests multiples ; Discrimination et estimation de modèles prédictifs.Accès : Priorité aux laboratoires de R&D publics et privés de Midi-Pyrénées.
Personnel : 3
Theogone- 10 avenue de l'Europe - Parc Technologique du Canal - 31520 Ramonville Saint Agne
Directeur. : Frédéric Daumas - 05 34 32 02 02 - site
Description : Maintenir et administrer une ferme de calcul destinée aux activités telles que l'analyse de génomes entiers, la modélisation moléculaire de protéines, l'élaboration de nouvelles molécules d'intérêt thérapeutique par criblage virtuel et amélioration de ligands.
Développements : Développement multi langage et multi plateformes d'outils informatique.
Accès : Porteurs de projet en biotechnologie et bioinformatique, entreprises, chercheurs du secteur public.
