Analyse des données issues des techniques d'investigation génique : CGH-array, transcriptome, génotypage et séquençage, biologie structutale ...
Un outils de recherche des compétences en Bioinformatique-Biostatistiques au sein du Cancéropôle GSO est à votre disposition : Canceropole Network Competencies database (cliquez ici). |
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) Centre de traitement des données pour les essais en cancérologie (CTD)Plate-forme de méthodologie de la recherche et de bio-informatique Contact : Jean-Pierre Daurès Centre de traitement des données de Montpellier (CTD)IMGT® , the international ImMunoGeneTics information system®Service de biomathématique et de bioinformatique de l'IRB Plateau de bioinformatique du transcriptome du LIRMMPlateforme bioinformatique - Genotoul Plateforme bioinformatique - IFR150Plateforme biostatistique - Genotoul Centre de bioinformatique CEEI Theogone
| Resp. : Dominique Rolin - |
PGFB regroupe 6 entités : 1 pôle bioinformatique, 1 plateforme Génome Transcriptome, 1 pôle métabolomique, 1 pôle d'Imagerie, 1 pôle de biologie-structurale et 1 pôle protéomique.
Centre de bioinformatique de Bordeaux (CBiB) | Bordeaux Imaging Center |
Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux Pôle métabolome-fluxome de Bordeaux | Biologie Structurale de Bordeaux Pôle protéomique de Bordeaux |
  | Plateforme de Génomique Fonctionnelle Bordeaux - Centre de Bioinformatique de Bordeaux, 146 rue Léo Saignat - Case 68 - 33076 Bordeaux cedex - |
Description
Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) est un des composants de la Plateforme Génomique Fonctionnelle Bordeaux (PGFB). Il a pour vocation de fédérer et de stimuler les projets de recherche en bioinformatique, de satisfaire les besoins bioinformatiques liés aux activités de recherche des laboratoires de biologie de la région et d'être un centre de ressources ouvert à l'ensemble de la communauté via le web.
Equipement
Le CBiB dispose d'une capacité de calcul assurée par un total de 35 CPUs et d'un espace de stockage d'environ 10 To.
Compétences, prestations originales dans le GSO
- Hébergement et exploitation de programmes et bases de données publiques.
- Hébergement et exploitation d'applications et/ou de données protégées par un accès sécurisé.
- Développement, exploitation et maintenance de bases de données et de services innovants d'intérêt national ou international.
- Réalisation de travaux de développement logiciel et/ou bioanalyse à façon.
- Encadrement de travaux d'ingénierie bioinformatique ou de bioanalyse
- Accueil et formation des utilisateurs de programmes bioinformatiques et de bases de données.
- Accueil et formation de biologistes à la programmation.
- Organisation de formations spécialisées
Dispositif haut débit
Le CBIB est partenaire du Pôle M3PEC/Mésocentre de la DRIMM (Direction des Ressources Informatiques et Multimédia Mutualisées) de l'Université Bordeaux 1. Le Pôle offre à ses partenaires des moyens de calcul de très haute performance. Le supercalculateur actuel qui vient d'être installé est un IBM P575 offrant pour l'interactif 1 noeud de 16 processeurs cadencés à 1,9 GHz et 64 Go de mémoire, et pour le traitement par lots 14 noeuds de 16 processeurs chacun, cadencés à 1,5 GHz et avec 32 Go de mémoire, soit 224 processeurs délivrant une puissance de crête de 1,34 Tflops et 448 Go de mémoire distribuée.
Personnel : 12
Qualité : Démarche qualité norme ISO 9001 en cours.
Centre de traitement de données pour les essais en cancérologie - Label INCa
Resp. : Simone Mathoulin-Pélissier 
05 56 33 33 98
Contact - Site
Localisation: Institut de santé publique, épidémiologie et développement (ISPED) - Univ. Bordeaux 2
146 rue Léo Saignat - 33076 Bordeaux cedex
Description : Développement d'essais cliniques académiques pour tous les types de cancer, spécificité pour les sarcomes. Expertise méthodologique de haut niveau (choix de schémas optimaux, essais complexes, analyses à long terme). Qualité des données (e-CRF, randomisation, data-management).
Equipement : Travail de collaboration et accès aux équipements et logiciels des unités UREC de l'Institut Bergonié, USMR du CHU de Bordeaux, Inserm (U 897 Epidémiologie et Biostatistique, CIC EC 7) et ISPED.
Développements : programmes d'innovation méthodologique dans le CTD et dans 2 réseaux européens : Tenalea et Ecrin.
Projets : Étude Optimon : évaluation de l'efficacité et du coût de 2 stratégies de monitorage pour la recherche clinique institutionnelle (G. Chêne). Etude Oncodage : validation d'un outil de dépistage gériatrique en oncologie (P. Soubeyran, M. Rainfray).
Perspectives : Développement de l'axe méthodologique et ouverture à d'autres promoteurs du CGSO et du territoire national.
Personnel : 2 et personnel des unités constituantes.
Qualité : Mise en place des procédures opératoires standardisées propres à la structure.
Unité Fonctionnelle de Recherche - Clinique et Biostatistique - Faculté de Médecine - 2 rue du Dr Marcland- 87025 Limoges cedex
Resp. CEBIMER : Pierre Marie PREUX, 05 55 43 59 84
bbbbbCHU Limoges, laboratoire d'hématologie : Abdelghafour MARFAK, 05 55 05 61 80
Description
Plate-forme de gestion et d'analyse statistique des données pour les PHRC nationaux, inter-régionaux et locaux et analyses statistiques bio-informatiques appliquées à l'étude des cancers.
La plateforme est membre du RFUEC : Réseau Français d'Unités d'Essais Cliniques.
CEBIMER
1. Aide méthodologique pour l'élaboration de protocoles hospitaliers de recherche clinique
Gestion de bases de données cliniques sous Capture System. Analyses statistiques sous SAS et SAS Enterprise Guide
2. Manipulation des données à haut débit (Puces à ADN et PCR) pour l'étude du transcriptome :
* Aide au choix des méthodes statistiques adéquates (re-échantillonnage, Score discriminant, ANOVA)
* Identification des profiles d'expression spécifiques à chaque type de lymphome
* Recherche des réseaux de gènes co-régulés
* Classification des données (méthodes de calcul de similarité et dissimilarité)
3. Etude de la sélection d'antigène par les mutations somatiques :
* Séquençage et alignement des séquences ADN
* Aide au calcul et développement logiciel pour l'étude des mutations somatiques des gènes IgVH
4. développement d'outil mathématiques et logiciels pour standardiser des données issues de différents cytomètres.
Equipement
Serveur IBM quadri-processeurs, logiciel Capture System (Data management), SAS 9.13 client serveur, MedCalc, Nquery Advisor, Epi-Info. Les Dictionnaires MedDRA et WHO-DRUG sont en cours d'acquisition.
Compétences, prestations originales dans le GSO
* Conseil méthodologique, création de listes de randomisation et gestion pratique de la randomisation tout au long du protocole, élaboration et gestion des bases de données,
* Déclaration a la Commission Nationale Informatique et Libertés, contrôle et validation des données, extraction des données, analyse statistique et aide à la valorisation.
* Aide à l'analyse des données produites par étude des séquences de gène (études des mutations), par études haut-débit (PCR et Transcriptome) et par cytométrie en flux.
Projets INCa-Cancéropôle GSO
PHRC National : Profils d'Expression Génique et Etude de la Différentiation Plasmocytaire dans les Lymphomes B du Lymphocyte B Commise dans la Réponse Immune Secondaire, Pr Jean Feuillard.
Réseau Biocolon.
Centre de traitement de données de Montpellier - Parc Euromédecine - 34298 Montpellier cedex 5 - Label INCa
Resp. : Jean-Pierre Bleuse
Resp. Opérationnelle : Sophie Gourgou-Bourgade
Objectif : Mission de gestion, d'analyse des essais thérapeutiques, suivi et développement de nouvelles méthodologies afin de proposer de nouveaux outils biostatistiques et informatiques permettant une optimisation de l'interprétation des résultats d'études cliniques ou biologiques.
Description : Les principaux projets de recherches portent sur les marqueurs tumoraux et biopuces, les essais d'association de plusieurs drogues, les études des effets à long terme, les interactions toxicité-efficacité, les règles d'arrêt précoce des événements indésirables graves, la qualité des essais cliniques en oncologie, l'optimisation de la fréquence des visites post-thérapeutiques , les essais randomisés en clusters.
Equipement : logiciels spécialisés planification des essais (EaST) ; randomisation (TenAlea) ; gestion des données biomédicales (Clinsight/Capture System) ; analyse statistique (Stata et SAS).
Projets : en dehors de la gestion des essais thérapeutiques et des bases de données, développement de 2 axes : développement de nouveaux outils méthodologiques en biostatistique appliquée au cancer (arrêts précoces dans les essais basés sur une surveillance séquentielle des effets indésirables graves, optimisation des rythmes de surveillance post-thérapeutiques, évaluation des définitions des critères de survie utilisées dans des revues médicales, évaluation des méthodes statistiques des essais de phase II publiés dans des revues de cancérologie), biostatistique appliquée à la recherche fondamentale biologique (évaluation de l'efficacité et de la tolérance des modulateurs de réponses biologiques, essais d'intervention et prévention, évaluation de signature génétique prédictive de la réponse aux traitements).
Production : développement de logiciels de stratégie d'escalade de doses dans les essais de phase I (np1), d'évaluation multi variée des marqueurs tumoraux (mROC), d'évaluation des effets récurrents et transitoire à long terme (preval).
Qualité : Nombreuses procédures rédigées et mises en place pour assurer une homogénéité dans l'exécution de différentes tâches, en respectant la législation.
Personnel : 11
IF3- LIGM - IMGT - IGH - 141 rue de la Cardonille - 34396 Montpellier cedex 5 - IBiSA
Descriptif : 
Resp. : Marie-Paule Lefranc 04 99 61 99 65 - site
IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® créé en 1989 à Montpellier (Université Montpellier 2 et CNRS) est le premier et, à ce jour, le seul système d'information intégré en immunogénétique. IMGT® est la référence internationale en immunogénétique et immunoinformatique. IMGT est une marque déposée du CNRS (France, Union Européenne, Canada et Etats-Unis). IMGT® est spécialisé dans les séquences, structures et données génétiques des anticorps ou immunoglobulines (IG), récepteurs T (TR) et complexe majeur d'histocompatibilité (MHC, pour major histocompatibility complex) des vertébrés, des protéines des superfamilles IgSF et MhcSF, et des protéines apparentées du système immunitaire (RPI, pour Related Proteins of the Immune system). IMGT® comprend des bases de données, des outils interactifs et des ressources Web. IMGT® est utilisé par des scientifiques et industriels en recherche fondamentale, vétérinaire et médicale, en génomique, pour les diagnostics, en biotechnologie relative à l'ingénierie des anticorps et dans les approches thérapeutiques (greffes, immunothérapie, vaccinologie).
Compétences, prestations originales dans le GSO :
IMGT® comprend:
1) cinq bases de données: trois de séquences (IMGT/LIGM-DB, IMGT/MHC-DB, IMGT/PRIMER-DB), une de gènes (IMGT/GENE-DB) et une de structures tridimensionnelles (3D) (IMGT/3Dstructure-DB),
2) quinze outils interactifs en ligne pour l'analyse de séquences (IMGT/V-QUEST, IMGT/JunctionAnalysis, IMGT/DomainDisplay, etc.), de gènes (IMGT/GeneInfo, IMGT/GeneFrequency etc.) et de structures (IMGT/Collier-de-Perles, etc.)
3) des ressources Web qui comprennent plus de 10.000 pages HTML (IMGT Scientific chart, basé sur les concepts d'IMGT-ONTOLOGY, IMGT Repertoire , IMGT Education, etc.).
Les bases de données, outils et ressources Web d'IMGT® sont utilisés pour:
- l'analyse des séquences du répertoire des sites anticorps et des récepteurs T dans les maladies autoimmunes et infectieuses, SIDA, leucémies, lymphomes, myélomes,
- l'analyse des séquences du répertoire immunitaire des animaux modèles,
- l'analyse de la diversité des gènes et de l'évolution du système immunitaire adaptatif chez les vertébrés,
- l'analyse des séquences d'immunoglobulines pour la détection et le suivi des maladies résiduelles,
- l'analyse des séquences et structures en biotechnologie relative à l'ingénierie des anticorps et dans les approches thérapeutiques (récepteurs T/peptide/MHC, HLA chez l'homme).
Appartenance à un réseau collaboratif registre/réseaux :
IMGT est membre du réseau national des plates-formes de Bioinformatique ReNaBi (Réseau National de Bioinformatique)
IMGT est membre institutionnel de l'International Medical Informatics Association, IMIA.
IRB/Inserm U 847 - CHU Saint-Eloi - 80 Av. Augustin Fliche - 34295 Montpellier cedex 5
Resp. : Thierry Rème 04 67 55 20 71 - site
Description
Exploitation des données biologiques à haut-débit (transcriptome par puces, PCR, ..) rapprochées des données cliniques de patients de pathologie documentée pour construire des outils de classifications diagnostique, pronostique et en réponse aux traitements, à partir de méthodes biomathématiques de référence ou développées en propre.
Utilisation de ces outils pour prédire la classification et l'orientation thérapeutique des nouveaux patients, ainsi que pour extraire de nouvelles cibles thérapeutiques des données.
Compétences, prestations originales dans le GSO
Développement d'un outil web accessible aux scientifiques et cliniciens non spécialisés, permettant de filtrer, trier et analyser avec les méthodes statistiques supervisées et non supervisées, d'établir les liens avec les autres sites web de bioinformatique, de visualiser et comparer des courbes de survie (rechute, décès) dans des cohortes choisies. Démonstration du site "Remote Analysis of Gene Expression"
Synergies avec d'autres plateformes
Plateforme de Transcriptome de l'IRB Montpellier (B. Klein)
Projets INCa-Cancéropôle GSO
- Modèles in vitro du myélome (B. Klein, R Bataille), INCa
- Cellules souches mésenchymateuses dans le myélome multiple (P. Bourin, Toulouse)
- Gliomes (JP Hugnot, D. Joubert, L. Bauchet, Montpellier)
Personnel : 1
Qualité : Agrément AFSSAPS. Accréditation JACIE.
Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier - LIRMM UMR 5506, 161 rue Ada - 34392 Montpellier
Resp. : Eric Rivals 04 67 41 86 64 site
Description Le plateau est dédié à l'analyse in silico de données de transcriptome par séquençage (SAGE, MPSS, DGE, CAGE) ou par hybridation. Nous proposons les services suivants :
1. La localisation rapide d'ensemble de signatures (tags) transcriptomiques sur un génome de référence. Cette étape constitue un pré-requis à la prédiction de régions transcrites sur le génome cible et permet de mettre en relation les tags avec les annotations de leur contexte génomique.
2. Optimisation de la prédiction de régions génomiques transcrites à partir d'un ensemble de tags. Ceci comprend une analyse des taux d'erreurs de séquences des données transcriptomiques, et des taux d'erreurs de prédiction (type I et II).
3. Classification et analyse des données d'expression par hybridation. Cette activité, à partir d'un tableau de données d'expression vs conditions, recherche des structures de classe (clustering), ou organisationnelle (sériation). Un outil logiciel comme PermutMatrix permet par réorganisation automatique des lignes et/ou colonnes de mettre en relief et visualiser la structure sous-jacente des données.
Compétences, Spécificités : Biologie computationnelle à haut débit, mapping d'ensembles de séquences sur un génome à haut débit, statistique et classification. Synergies avec d'autres plateformes : Plateforme de bioinformatique ATGC et Montpellier Genomix (MGX).
Personnel : 1
 | Genotoul - INRA BIA- Auzeville BP 52627 - 31326 Castanet-Tolosan - IBISA Resp. scientifique : Chrisitne GASPIN 05 61 28 52 82 - siteResp opérationnel : Christophe KLOPP |
Description
Mise à disposition d'une infrastructure adaptée et performante, des principales banques de données (séquences) et des logiciels de base de la bioinformatique. Appui aux programmes scientifiques de biologie et de bioinformatique.
Equipement
Base de stockage de 10 To. Serveurs : 3 serveurs quadriopteron 2Ghz 16 Go Ram. Cluster de calcul : 42 noeuds bi-optron 2Ghz
Compétences, prestations originales dans le GSO
Informatique : Calcul à grande échelle, espace de stockage, formation à l'utilisation de l'infrastructure
Bioinformatique : 1) Mise à disposition des principales banques de séquences en biologie (Genbank,....) et logiciels de base en bioinformatique (BLAST, SRS,...), 2) formation aux méthodes et outils de la bioinformatique, 3) appui aux programmes scientifique (assemblage de séquences, prédiction de gènes (protéines, ARN), analyse comparative de génomes, ...
Dispositif haut débit
Informatique : Cluster de calcul
Projet
Projet Bioinformatics coordination of micro-RNA expression profiling data with in silico miRNA target predictions and transcriptome data (H. Prats).
Accès
Accès via le site web (logiciels avec site web, ouverture de compte utilisateur ou projet,...). Demandes d'appui aux programmes scientifiques via une estimation des compétences et besoins nécessaires. Définition des priorités par le comité de pilotage. Tarifs grille INRA pour des Prestations d'appui aux programmes scientifique.
Service
Calcul à grande échelle, espace de stockage, formation à l'utilisation de l'infrastructure. Mise à disposition des principales banques de séquences en biologie (Genbank,...) et logiciels de base en bioinformatique (BLAST, SRS,...). Formation aux méthodes et outils de la bioinformatique. Appui aux programmes scientifique (assemblage de séquences, prédiction de gènes (protéines, ARN), analyse comparative de génomes,...
Personnel : 3,6
IFR150 - Inserm Bât. L4 #106, CHU Rangueil, BP 84225, 31432 Toulouse Cedex4 France Resp. scientifique : Hervé Prats - 05 61 32 21 44 - Site
Resp. opérationnel : Jason Iacovoni - 05 61 32 56 18
Description
L'objectif premier du plateau est de développer des logiciels bioinformatiques personnalisés afin de faciliter l'utilisation de nouvelles technologies et l'accès aux base de données génomique. De plus, le plateau peut mettre en place des analyses complexes sur UNIX avec des programmes développés au sein du plateau ainsi que ailleurs dans le monde. Le plateau existe aussi pour former les chercheurs sur les utilisations des logiciels bioinformatiques et UNIX. Génomique : analyses de site de liaison de facteurs de transcription, recherche de motifs pertinents. Transcriptomique : annotation fonctionnelle de micro-array, Bioconductor/R scripting. Transcrits : analyse des régions UTR, prédiction de cibles de micro-ARN. Protéines : recherche dans des bases de données non traditionnelles.
Spécificités : développement des logiciels et bases de données spécifiques pour répondre à des questions originales. Collection de logiciels : "GeneHuggers".
Projets : en collaboration avec Didier Trouche (H2AX spreading on mammalian chromosomes around DNA Double Strand Breaks), Herve Prats (miR-16 selectively inhibits translation from the VEGF IRESB, miR-16 plays a complex role in the HIF1A hypoxic response), Stephan Vagner (A physical and functional link between splicing factors promotes pre-mRNA 3'-end processing) et Thierry Levade (Factor Associated with Neutral sphingomyelinase activation modulates TNF-induced ceramide production)
Personnel : 2
 | Inst. de Mathématiques - UMR CNRS 5219 - Univ. de Toulouse - INSA - 31077 Toulouse cedex 4 Resp. scientifique : Philippe Besse - 05 61 55 61 42 - siteResp. opérationnel : Sébastien Déjean |
Description
La plateforme mutualise les compétences des chercheurs en mathématiques et biologie pour l'étude des données générées par la biologie quantitative à haut débit. Elle apporte une expertise et un accompagnement pour l'utilisation et le développement de méthodologies statistiques et logiciels appropriés.
Développements
Outils développés (publications, logiciels, supports de cours) en libre accès sur le site web.
Accès
Priorité aux laboratoires de R&D publics et privés de Midi-Pyrénées.
Service
Montage et accompagnement de projets scientifiques impliquant la génération et l'analyse de tout type de données quantitatives à haut débit (transcriptomique, protéomique, métabolomique, interactions moléculaires etc.). Veille scientifique et technique autour de l'analyse statistique des données issues des technologies de la biologie quantitative à haut débit. Animation scientifique de groupes de travail mensuel et atelier national annuel. Développement de nouvelles méthodes d'analyse statistique pour répondre à de nouvelles questions biologiques.
Les outils développés (publications, logiciels, supports de cours) sont en libre accès sur le site de la plateforme.
Formation
Analyse statistique exploratoire (fouille de données), classification et hiérarchisation des résultats ; Modèles explicatifs et tests multiples ; Discrimination et estimation de modèles prédictifs.
Personnel : 3
Theogone- 10 avenue de l'Europe - Parc Technologique du Canal - 31520 Ramonville Saint Agne
Resp. : Frédéric Daumas - 05 61 28 56 56 - site
Description
Maintenir et administrer une ferme de calcul destinée aux activités telles que l'analyse de génomes entiers, la modélisation moléculaire de protéines, l'élaboration de nouvelles molécules d'intérêt thérapeutique par criblage virtuel et amélioration de ligands.
Développements
Développement multi langage et multi plateformes d'outils informatique.
Accès
Porteurs de projet en biotechnologie et bioinformatique, entreprises, chercheurs du secteur public.
