Plateforme Métabolome Fluxome - CGFBPlateforme métabolomique fluxomique de Metasys
| Resp. scien. : Dominique Rolin - |
Le Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB) regroupe 6 plateformes : le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), le Pôle Protéomique, la plateforme Métabolome Fluxome, la plateforme Génome - Transcriptome, Le Bordeaux Imaging Center (BIC) et La Plate-forme de Biologie Structurale. Ces plates-formes vont continuer à mutualiser du personnel et des équipements au service de la communauté scientifique bordelaise.
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) | Bordeaux Imaging Center (BIC) |
Plateforme Génome - Transcriptome de Bordeaux Plateforme Métabolome Fluxome de Bordeaux | Plateforme de Biologie Structurale de Bordeaux Pôle Protéomique de Bordeaux |
 | Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux - IBVM - Centre INRA de Bordeaux - 33140 Villenave d'Ornon - |
Description : La plateforme fédère les outils et les savoir-faire pour l'étude du métabolome, du lipidome et pour la mesure de flux métaboliques. L'un des rares sites abordant la métabolomique et la lipidomique végétale en France. Domaines de compétence de l'analyse des lipides (lipidome) aux composés carbonés majeurs d'extraits biologiques (analyse ciblée ou non ciblée des sucres, acides organiques, acides aminés, composés phénoliques, isoprénoïdes etc.). Support à des recherches en écophysiologie, génomique fonctionnelle et génétique des plantes, et en pharmacologie. Analyse de produits dérivés de plantes et de leur effet biologique.
Réalisations : établissement de profils métaboliques en RMN du proton ou LC-MS, phénotypage enzymatique, identification et l'analyse structurale de métabolites et d'interactions entre biomolécules par spectrométrie de RMN du proton (RMN- 1 H), du 13 C et du 31 P et multidimensionnelle, étude des aspects dynamiques du métabolisme (quantification de flux métaboliques), analyse fonctionnelle des voies du métabolisme des lipides, identification et quantification des lipides dans des tissus, organites ou membranes (criblage de mutants), identification et quantification des espèces moléculaires des lipides de levure (MS/MS), identification et analyse des polyphénols, étude des propriétés structurales des polyphénols et leurs interactions avec des macromolécules dont les protéines.
Equipement : Deux spectromètres de RMN (500 MHz et 600 MHz) dont LC-SPE-RMN et une cryosonde optimisée 13C, une chaîne d'analyse des lipides par HPTLC, un numérisateur de radioactivité, trois chromatographes en phase gazeuse dont une chaîne GC-MS, un système LC-QqTOF-MS, un système LC-MSn (ion-trap), un système nanoLC-Qtrap-MS, un plateau robotisé de phénotypage enzymatique à haut débit.
Haut débit : Plateau robotisé de mesures enzymatiques à très haut débit pour la quantification de 20 métabolites et la mesure de 50 activités enzymatiques.
Développements : Mise au point de protocoles d'extraction et d'analyse de familles de métabolites sur échantillons végétaux. Mise au point de protocoles d'extraction et d'acquisition rapides pour l'obtention puis l'exploitation de signatures métabolomiques par RMN du proton à haut débit. Mise au point de protocoles d'extraction et d'analyse pour des analyses métabolome par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (MS). Constitution d'une chimiothèque. Poursuite de la constitution d'une bibliothèque de spectres RMN 1H et 13C de composés de référence, et de la construction d'une base de données LC-MS. Mise en place d'approches de fluxomique pour l'analyse de mutants chez le fruit de tomate et chez Arabidopsis thaliana. Mise au point d'extraction et d'analyse des lipides de la signalisation (sphingolipides, phospholipides phosphorylés) (TLC) Mise en place d'une approche lipidomique plante (MS/MS). Identification des composés majeurs présents dans des extraits polaires de plantes par RMN bidimensionnelle. Analyse combinée de données omiques. Constitution et alimentation d'une base de données métabolome-plante (collaboration avec le CBiB, http://bit.ly/meryb).
Accès : Contact direct puis description du projet dans un formulaire. Priorités définies par un Comité local des opérateurs et par des Conseils de Gestion et Scientifique.
Personnel : 5,8 permanents (en équivalent temps plein).
Qualité : Démarche qualité, initiée en 2005, référentiel ISO 9001:2008. Animateur qualité aidé de 3 correspondants.
 | Metasys - LISBP INSA - 135 Avenue de Rangueil - 31077 Toulouse - |
Description : à terme 5 PT, 1 site principal UMR 5504 et 2 PT (PT de lipidomique, IFR30 et PT de métabonomique INRA Saint-Martin du Touch), Intégration en cours du PT de RMN biomédicale UPS et du PT des métabolites secondaires végétaux IFR 40. Regroupement de compétences et des moyens importants (RMN, spectrométrie de masse) dédiés à l'analyse globale du métabolisme. Elle répond à des besoins de mesure, à l'échelle cellulaire, tissulaire, ou de l'organisme, de la réponse métabolique à des perturbations d'origine génétique ou environnementale. 3 niveaux complémentaires d'investigations : i) méthodes de phénotypage biochimique haut-débit (empreintes métaboliques) pour la recherche et l'identification de biomarqueurs, ii) méthodes d'identification et de quantification de l'ensemble des métabolites (le métabolome contenu dans un échantillon biologique (bio fluides, extraits cellulaires ou tissulaires etc.), iii) méthodes d'analyse fonctionnelle des réseaux métaboliques par marquage isotopique. C'est un outil de biologie intégrative permettant de répondre à des problématiques situées principalement dans le domaine de la santé (cancer, maladies métaboliques et cardio-vasculaires, toxicologie, maladies infectieuses) et des agro biosciences (biologie intégrative des microorganismes; interactions hôtes-microorganismes, biotechnologies microbiennes et végétales).
Compétences : Analyses globales du métabolisme: i) identification et quantification de métabolites sur extraits et bio fluides, ii) analyse fonctionnelle des réseaux métaboliques à l'échelle intégrée de la cellule, du tissu ou de l'organisme et iii) caractérisation de perturbations métaboliques globales. Les analyses (contenus en métabolites, mesure d'incorporation isotopique, empreintes métaboliques) peuvent être effectuées sur des matériels biologiques de type: bio fluides, extraits cellulaires, extraits tissulaires, voire dans certains cas biopsies ou tissus intègres.
Equipement : Spectromètres RMN 500 MHz, 600 MHZ (+ 800 MHz en 2009) et spectromètres de masse (LC-MS, GC-MS) dédiés à l'analyse métabolique, compétences associées en biochimie métabolique, biochimie analytique, lipidomique, analyses isotopiques, analyse des flux métaboliques.
Projets : Différents projets en cours sur la physiopathologie de cancers et de maladies cardio-vasculaires et métaboliques; différents projets de biologie intégrative dans un contexte de compréhension de l'adaptation métabolique (ANR BIOSYS Metagenoreg: analyse et modélisation multi échelle combinant réseau métabolique et réseau de régulation (ANR BIOSYS Metagenoreg) et du lien entre métabolisme et expression de la virulence chez des microorganismes pathogènes (ANR MIME MetaboTryp, projet INRA sur des E. coli pathogènes, etc.).
Développements : Méthodes de métabolomique quantitative, mise en place d'un plateau d'analyse "haut-débit" des flux métaboliques.
Perspectives : Evolution 2008-2009 : élargissement du dispositif (mise en place de nouveaux plateaux) et acquisition de nouveaux équipements (financement: CPER 2007-2013) qui vont renforcer les capacités de développement et d'analyse de la PF : spectromètre RMN à haut-champ (800 MHz), spectromètre de masse haute résolution, plateau d'analyse des flux haut-débit.
Accès : public/privé.
Qualité : Démarche initiée ISO 9001.
05 57 12 26 90
