Montpellier GenomiX (MGX)Plateforme de Profilage Génomique de l'IRCM et de Montpellier GenomiX (MGX)GenoToul Génome - Transcriptome / Plateforme Génome et Transcriptome (GET)Plateforme de Génomique (GET-PlaGe) / GenoToul GénomicPlateau de Génomique de Purpan (GET Purpan)
| Resp. scien. : Dominique Rolin - |
Le Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB) regroupe 6 plateformes : le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB), le Pôle Protéomique, la plateforme Métabolome Fluxome, la plateforme Génome - Transcriptome, Le Bordeaux Imaging Center (BIC) et La Plate-forme de Biologie Structurale. Ces plates-formes vont continuer à mutualiser du personnel et des équipements au service de la communauté scientifique bordelaise.
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) | Bordeaux Imaging Center (BIC) |
Plateforme Génome - Transcriptome de Bordeaux Plateforme Métabolome Fluxome de Bordeaux | Plateforme de Biologie Structurale de Bordeaux Pôle Protéomique de Bordeaux |
 | Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux - Univ. Victor Segalen Bordeaux 2 - 146, Rue Léo Saignat - Case 10 - 33076 Bordeaux - |
Localisation : 3 sites : site séquençage (Université Bordeaux 2), site génotypage (INRA Cestas-Pierroton) et site transcriptomique (INRA-Villenave d'Ornon).
Description : Mise à la disposition de la communauté scientifique d'équipements lourds de génotypage, séquençage et transcriptomique. Selon le type de projet : prise en charge des manipulations ou formation et mise à disposition du matériel aux utilisateurs. Conseil et expertise aux utilisateurs : aspects techniques ; définition, mise en œuvre et conduite de projets. Assistance et formation technique des utilisateurs. Formation initiale et continue. Animation scientifique. Veille technologique. Développement d'outils bioinformatiques.
Génome : Préparation de librairie et séquençage 2nd génération d'ADNg, reséquençage d'ADN, multiplexage (produit PCR, etc...), CHiPSeq. Méthylation. Recherche de mutations (séquençage) ; analyse de SNP (SNPlex, BeadXpress GoldenGate Illumina, Taqman) ; analyse de microsatellites. Expertise importante dans l'analyse des microremaniements génomiques : CGH-array ; PCR quantitative multiplexe (QMF-PCR). Extraction automatique d'ADN génomique humain à partir de sang total sur AutoGen3000 (typiquement 4 ml sang sur EDTA). Séquençage ADN. Prestations et compétences en développement : technologie SNPlex (ABI), Réorganisation tubes-plaque 96 puits, dosage d'ADN par fluorescence en plaque 96 puits, normalisation de plaques 96 puits. Dosage d'ADN par absorbance.
Transcriptome : fabrication de filtres à haute densité (macroarrays) et de puces à façon (microarrays), conduite des expériences de transcriptome et analyse des résultats.
Préparation de librairie et séquençage 2nd génération d'ARNm.
Broyage en plaque 96 pour extraction d'acides nucléiques à grande échelle. Amplification PCR à haut débit (en plaque 96 ou 384). Purification de produits PCR à haut débit (en plaque 96 ou 384). Dépôt sur lames de verre (microarray) ou membranes (macroarray). Dosage d'acides nucléiques (ou protéines). Synthèse de cibles fluorescentes pour microarrays. Hybridation de microarrays sur station automatique. Scanning des lames hybridées. Traitement bioinformatique des données. PCR quantitative en format 96. Analyse de macroarrays. Tilling
Equipement : Séquenceur 2nd génération GAIIx illumina, Séquenceurs ABI 3130XL, ABI3730, Licor (x3). PCR temps réel ABI7500. Extracteur automatique d'ADN génomique humain AutoGen3000. Robots pipeteurs - diluteurs (pré et post PCR). BeadXpress d'illumina : SNP et dosage génique. Séquenceur nouvelle génération. Rampes PCR (>10). 2 Bioanalyzer 2100. Lecteur de plaque (absorbance et fluorescence). Nanodrop mono et 8 canaux. 4 congélateurs -80°C. Mixer Mill MM300 - Rentsch, Centrifugeuse réfrigérée équipée d'un rotor à plaques - Sigma 4K15C, Rampe d'amplification équipée en blocs 96 (débit : 1600 échantillons/jour) - PCR MWG Primus, PE Applied Biosystems GeneAmp® PCR System 9700 avec 2 blocs 384, Robot de spotting - Biorobotics Microgrid II type 610, Crosslinker pour irradiation de lames spottées, Electrophorèse en capillaire avec système de quantification , Système de filtration sur membrane, format plaque (96 ou 384), Robot de pipetage équipé de 2 systèmes de filtration automatique - MWG Roboseq 4204S, Station d'hybridation automatique équipée de 3 modules indépendants de 4 chambres chacun, soit 12 chambres d'hybridations au total - Tecan HS 4800, Scanner les lames - Axon Instruments Genepix 4000 B, Système de PCR quantitative - Biorad i cycler IQ Real-time, Phosphorimager - Biorad (Molecular Imager FX Pro Plus MultiImager System), lecteur de gel en lumière bleu.
Haut débit : Séquençage d'ADN 2nd génération illumina (5Gbases/Jour) et Sanger ABI (0,6 Mbases/jour). Analyse microsatellites. SNPlex, BeadXpress (384 plex/1440 individus). Extraction à grande échelle d'acides nucléiques, PCR Quantitative, 1 laboratoire de préparation des matrices ADN à spotter (robot pipeteur et rampes PCR) et des plaques pour PCR quantitative, 1 pièce technique pour le dépôt en micro et macroarrays avec un robot de spotting, 1 laboratoire pour la production, l'analyse et l'hybridation des cibles fluorescentes sur microarrays, 1 pièce technique destinée à la lecture et à l'analyse des microarrays.
Perspectives : Transcriptome sur cellules isolées. Analyse bioinformatique des données issues du séquençage 2nd génération.
Personnel : 12
Accès : Accès public/privé. Collaboration ou service. Vocation régionale, nationale et internationale. Tarifs en ligne.
Qualité : Traçabilité des échantillons et des analyses, enregistrement des échantillons, protocoles expérimentaux et procédures écrites. Gestion des extractions d'ADN par code barre. Contrôle qualité EMQN en 2007, 2008 et 2009 (DNA sequencing). Charte de la plateforme régissant les modalités d'interaction avec les utilisateurs. Enquêtes de satisfactions. Audit INRA. Certification vers la norme ISO 9001 en cours avec l'aide d'une qualiticienne (Cynthia ESPINOSA). Appartenance au Groupe qualité PF bordelaises. BPL.
 | Institut Bergonié - Laboratoire de génétique moléculaire - Département de Pathologie - 229 cours de l'Argonne - 33076 Bordeaux |
Description : Description du profil génomique des proliférations tumorales permettant de ré-envisager la nosologie de ces pathologies sous l'angle du type d'instabilité génétique en cause dans leur survenue. Identification des réarrangements génomiques récurrents pouvant permettre de caractériser les gènes cibles de ces réarrangements et d'explorer leur implication dans la cancérogénèse. Actuellement les explorations portent sur le cancer du sein, les lymphomes cutanés et les sarcomes des tissus mous de l'adulte. Les programmes concernent les cancers du sein familiaux et les tumeurs desmoïdes qui sont en cours d'exploitation, ainsi que les cancers colo rectaux et les lymphomes malins non hodgkinien.
Spécificités : Détermination du profil génomique tumoral par CGH Array. Purification ADN génomique, Marquage fluorescent, Hybridation de puces BAC Arrays, Acquisition de données, Traitement de données, Analyses biostatistiques. Confection de puces haute-résolution densifiées en sonde au niveau de gènes d'intérêt. Projet sarcomes des tissus mous cancers du sein pronostics et familiaux.
Equipement : Scanner fluorescent: Scan Array 4000XL de (PACKARD Bio Chip Technologies) et un lecteur Packard Bio chip 4000XL avec logiciels QuantArray (Packard Bio chip) & GenePix (Axon Instruments). Prévu : PF Agilent.
Projets : Les programmes portant sur le cancer du sein et sur les lymphomes cutanés sont constitutifs du programme structurant de l'axe 2: « Search for genomic determinants of metastatic progression: an array-CGH profiling approach ». L'accent est mis sur le cancer du sein, les lymphomes cutanés, les sarcomes des tissus mous de l'adulte. Un programme sur les lymphomes malins non hodgkinien est en cours.
Perspectives : PF Agilent prévu.
Personnel : 2
| Institut Bergonié - Inserm - U916 - Validation et identification de nouvelles cibles en oncologie (VINCO) - 229 cour de l'Argonne - 33076 Bordeaux |
Description : Le séquençage du génome humain apporte de nouveaux outils pour l'individualisation de la chimiothérapie des cancers, d'abord grâce à l'identification de polymorphismes constitutionnels des gènes impliqués dans le métabolisme ou l'activité des médicaments anticancéreux (pharmacogénétique), ensuite grâce à l'exploration des profils d'expression des gènes tumoraux et de leurs liens avec la chimiosensibilité et la chimiorésistance (pharmacogénomie).
Équipement : Station Nanochip (Nanogen) ; pyroséquençage
Projets : recherche de polymorphismes prédictifs de la réponse tumorale et de la toxicité : (1) sur des collections de lignées cellulaires humaines en culture ; (2) dans des populations de patients inclus dans des études cliniques rétrospectives ou prospectives.
| Resp. : Laurent Journot - |
Plateforme de profilage génomique de l'IRCM | Plateau IGF/IGH : Next Generation Sequencing, tilling array, microarrayx à façon |
IRB Affymetrix/Plateau régional de puces à ADN très haute densité | Plateau UM2 qPCR haut débit |
| Montpellier GenomiX (MGX) - Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier - CRLC Val d'Aurelle - Paul Lamarque - 208 rue des Apothicaires - 34298 Montpellier |
Description : Cette PF a plusieurs spécificités : Profilage génomique d'échantillons d'ADN, analyses bioinformatiques afférentes. Adaptation des méthodes à l'étude des points de cassures chromosomiques récurrents. ChIP on chip, timing de réplication. Conseils pour l'élaboration des expérimentations et formations.
La PF maitrise tous les aspects techniques nécessaires à la mise en œuvre de la CGH-array ou des techniques voisines, depuis la production de puces génomiques dédiées, l'amplification, le marquage et l'hybridation des ADNs à l'analyse et interprétation des résultats. Marquages de sondes, hybridations, interprétations et traitement des données ont été développés dans le laboratoire de C. Theillet (U896 CRLC Montpellier) et sont éffectués au sein de la PF. Deux puces BAC ont été développées, l'une comportant 900 cibles couvrant les chromosomes 1, 8 et 17, l'autre dédiée à l'étude des régions de fragilité chromosomique (FRAV1). Plus de 1000 échantillons d'ADN tumoraux ont été analysés sur puces BAC (maison ou Integragen) et la PF utilise la technique haute résolution Agilent applicable à l'étude des génomes humains, murins, de levures.
Equipement : Broyeur FastPrep. Nanospectrophotomètre. Robot d'hybridation HS 4800. Etuve à hybridation Agilent. Instrument d'hybridation MAUI NimbleGen/Roche. Scanner Axon Genepix 4000B. Enceinte ozone free et catalyseur d'ozone. Logiciels d'analyse dédiés (Agilent, NimbleGen, Axon, NexusProfesional 4.0).
Haut débit : Qualification et quantification ADN. Amplification ADN. Marquage ADN. Hybridation. Analyses 4-12 échantillons/jour.
Développements : Amplification et marquage d'ADNs provenant de tumeurs fixées au formol. CGH array sur tissus microdisséqués et cellules triées. Hybridation de puces oligo très haute résolution NimbleGen. Etude du méthylome par Methylated DNA IP (MeDIP). Etude de l'expression des miR par puces Agilent.
Projets : Programme Carte d'Identité des Tumeurs de la Ligue Contre le Cancer. STREP Ovarian cancer a Silent Killer (R Zeillinger). Projet 3R, instabilité génétique et cibles pharmacologiques (colon, les 3R comme signature péjorative de la maladie, C. Cazaux, CGSO). Projet déterminants de la maladie métastatique, signature moléculaire (colon, M. Longy, CGSO). Projet « corrupted replication checkpoints as determinants to genetic instability » instabilité génétique (CGSO)
Accès : public/collaborations. Tarifs CGSO préférentiels.
Personnel : 4
Qualité : La PF s'engage à un rendu de résultats de qualité : i) contrôles qualité et validation de chaque étape du process, ii) développement d'une base de donnés intégrant la gestion des échantillons, expérimentations et donnés cliniques.
Responsable scientifique : Denis Milan - |
GET-PlaGe | Plateforme Génomique |
GET Biopuces | Plateforme Biopuces | |
logo GET TRiX | Plateau Impact Transcriptomique des Xénibiotiques | logo GET - TQ | Plateau Transcriptomique Quantitative | Plateau de Génomique de Purpan -GET Purpan |
 | INRA Toulouse-Auzeville - Chemin de Borderouge - 31326 Castanet Tolosan - |
Description : Génotypage de marqueurs génétiques. Séquençage sanger ou nouvelle génération. Analyse de l'expression des gènes en temps réel. Extraction automatique d'ADN génomique. Mise à disposition de robots de pointe, conseil et expertise dans le domaine de la génomique.
Spécificités : Mise à disposition de matériels et compétence pour le génotypage (microsatellites et SNP moyen débit), le séquençage sur séquenceurs ABI et Roche 454 GS FLX, la PCR quantitative. Implication dans la définition, la mise en œuvre et la réalisation de projets (ANR, Européens...). Plateforme relabellisée IBiSA en 2008, plateforme stratégique INRA 2008.
Equipement : Thermocycleurs 4 x 2 x 384, robots pipeteurs Tecan, séquenceur Roche 454 GS FLX (titanium), séquenceurs ABI 3730 et 3100, PCR quantitative ABI7900HT et Roche LC480, Fluidigm BioMark, lecteur Illumina BeadXPress. Projet de cartographie de gènes majeurs et de gènes responsables de caractères multifactoriels (mélanome, résistance aux pathogènes, engraissement), étude de diversité génétique, étude d'expression de gènes (fibrose, leucémie,...), de reséquençage (VIH,...) de séquençage de novo, métagénomique (diabète,...). Développements autour du séquençage et du génotypage haut débit.
Perspectives : La montée en puissance du séquençage nouvelle génération pour le reséquençage de génome et la caractérisation de la variabilité génétique, l'étude du transcriptome, de la méthylation de l'ADN, des interactions protéines-ADN (chIPSeq), des études de métagénomique vont nous amener à acquérir des nouvelles technologies dans le domaine du séquençage très haut débit HiSeq2000 (Illumina) et séquençage de 3ème génération. La plateforme continuera aussi d'investir dans le génotypage haut débit iScan (Illumina).
Accès : public/privé. Projets moyen/haut débit sur toutes espèces.
Personnel : 9
Qualité : Plateforme certifiée ISO 9001:2000 (depuis octobre 08).
UMR 5165 UDEAR - CHU Purpan - Place du Dr Baylac TSA 40031 - 31059 Toulouse Cedex 9 France |
Description : Séquençage (Méthode Sanger) de tout fragment d'ADN (plasmides, amplicons et ADN génomiques) et génotypage (marqueurs microsatellite, etc...). Dosage d'ARN messagers en libre service.
Service de proximité, nous acceptons tout nombre d'échantillons, de un à plusieurs centaines.
Conseils aux utilisateurs pour la préparation des échantillons et l'analyse des résultats.
Equipements : Thermocycleur Perkin Elmer GeneAmp PCR System 9600; Thermocycleur Applied Biosystems GeneAmp PCR System 2700; Agilent 2100 Bioanalyzer. Séquenceur Applied Biosystems 3130 xl Genetic Analyzer; Logiciels : Sequencing Analysis, Genemapper, Sequence Scanner et Peak Scanner.
Perspectives : Toujours mieux servir la communauté scientifique et médicale toulousaine pour le séquençage et le génotypage à façon. Servir d'introduction au séquençage à haut débit.
Accès : Public / Privé
Personnel : 1.5
Programme de la Ligue Nationale contre le Cancer.
Pour en savoir plus, voir le site dédié.
Une ressource majeure en génomique des cancers
Le programme "Cartes d'Identité des Tumeurs (CIT)"®, initié et financé par la Ligue Nationale contre le Cancer, association caritative française, a pour but de caractériser de multiples types de tumeurs grâce à l'analyse pangénomique de l'expression des gènes couplée à celle des altérations chromosomiques.
Vers une médecine personnalisée
Le programme "Cartes d'Identité des Tumeurs (CIT)"® doit permettre pour chaque patient :
- de préciser le diagnostic
- de prédire la réponse aux traitements et l'évolution de la pathologie
- d'améliorer le suivi pendant et après traitement
Des collaborations dans toute la France
Bâti sur des réseaux de chercheurs, pathologistes, médecins et bioinformaticiens, le programme "Cartes d'Identité des Tumeurs (CIT)"® implique 60 équipes de recherche et propose une des plus grandes bases de données de tumeurs en Europe, fondée sur un processus standardisé et contenant plus de 6000 échantillons tumoraux annotés et 9000 expériences de biopuces.
05 57 12 26 90
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